У Лойолы были рекомендательные письма к провинциалу ордена францисканцев на Святой Земле. Обитель представительства в Иерусалиме нуждалась во всем необходимом и могла содержать только несколько монахов. Через месяц из поездки по Палестине прибыл провинциал и принял Иниго. Он сказал, что знает о желании Лойолы проповедовать на Святой Земле, но дело это очень непростое. Многие приезжали с такими же желаниями в Иерусалим, но многие погибли, умерли от непривычного климата, были взяты в плен. Представительство ордена францисканцев всегда выкупало пленных христиан, но увеличивать их еще на одного романтика совершенно необязательно. Вообще, для проповедования на Святой Земле необходимо разрешение Святого Престола, а непокорных ждет церковное отлучение. Умный францисканец, очевидно понял, кто перед ним, и разговор затянулся. Провинциал проэкзаменовал собеседника и выяснил, что Лойола не знает арабского и турецкого языков, не имеет понятия о исламе и истории мусульманства. Когда выяснилось, что Иниго незнакомо слово teologia – научное богословие, разговор прервался. Упрямый баск сам увидел свое невежество. Провинциал прямо сказал ему, что предприятие Лойолы является чистым безумием, а уверения Иниго, что турки и арабы с божьей помощью поймут его испанскую проповедь, ничем не подкрепляются. Нужно быть не только достойным, но и знающим человеком, чтобы считать себя способным на такое высокое и важное дело, как обращение ко Христу неверующих. Пилигрим Иниго Лойола должен на корабле с паломниками вернуться в Европу! Тридцатитрехлетний испанец, не знавший ни одного слова по-латыни, должен изучить богословие и только потом проповедовать. 23 сентября из Яффы Иниго отправился на Кипр, куда прибыл в начале октября. В Венецию через месяц отплывали два корабля. Капитан большого венецианского корабля отказался везти паломников бесплатно, но их взяли на маленький кораблик. Через несколько часов после отплытия началась буря, и большой корабль разбился на кипрских скалах. Почти два тяжелых зимних месяца кораблик Лойолы носили морские волны, пока он не смог пристать где-то в Апулии. В середине января 1524 года Иниго появился в Венеции. Он принял участие в нескольких ученых диспутах, на которых ему опять сказали в глаза, что он круглый невежда, который для начала должен сесть за букварь.
В начале февраля Лойола пешком пошел в Геную сквозь две воюющие армии испанского короля и императора Карла V и французского короля Франциска I. Дважды его принимали за шпиона и чуть не расстреляли. Бывший офицер счел для себя унизительным идти безопасным кружным путем и шел через расположения войск, сторожевое охранение, штурмы и сражения и каждый день мог быть случайно убит. Лойола добрался до Генуи, где его очередной испанский знакомец посадил на корабль до Барселоны. В конце февраля 1524 года Иниго Лойола вернулся в Испанию.
Два года назад духовный рыцарь покинул родовой замок. Он прошел через многочисленные испытания, ужасные бури и тысячи опасностей. Что теперь ждет его, одинокого духовного рыцаря? Иниго хотел работать на благо людей, спасть души своих братьев во Христе. Но он не захотел стать ни кающимся паломником, ни монахом уже существующего ордена. Лойола понимал, что его цель – укрепить веру в Бога у европейских народов и с помощью этого стать славным продолжателем дела Франциска Ассизского. Он был не образован и действовал один. Ему необходимо стать ученым и собрать духовное братство, воинствующее во славу Божью – "Это нужно – значит, это должно быть сделано". Для спасения душ необходима теологическая подготовка. Иниго Лойола не хотел учиться в Италии, несмотря на то, что это была родина латыни. Он много раз слышал итальянскую поговорку: "Если испанцу нужно вбить в стену гвоздь, а молотка под руками не будет, то он заменит его своей головой и вобьет гвоздь в стену". Тупоголовый испанец не будет учиться в Италии. Он будет учиться в Испании и Франции. Лойола еще не знал, что учеба продлится десять лет и степень магистра свободных наук, означавшую диплом о высшем образовании, он получит, когда ему исполнится сорок пять лет. Для создания духовного братства воинов Христа и рыцарей Девы Марии дону Иниго Лопесу де Рекардо Лойоле останется всего двенадцать лет. Он знал, что теперь у него все получится и он все успеет. Предопределенное свершится.
Сразу по прибытии в Барселону Иниго Лойола сказал о своем желании учиться местной благотворительнице Исабель Росер и магистру школы Эстудио Хенераль Херонимо Ардеволю. Исабель обеспечила его всем необходимым для жизни, а бакалавр и руководитель кафедры грамматики Ардеволь согласился обучать его бесплатно. Весь 1524 год Ардеволь как репетитор готовил Иниго к учебе, в 1525-1526 годах был его особым учителем. Тридцатитрехлетний Лойола старательно учил грамматику и латынь в группе учеников, на двадцать пять лет моложе его. Добрые люди помогли ему советами, деньгами, одобряли и поддерживали его. Иниго просил учителя за нерадение и неуспехи наряду с другими наказывать себя розгами. Он привел Ардеваля в церковь святой Марии на Море, стал перед ним на колени и поклялся закончить учебу, какие бы препятствия перед ним не стояли: "Обещаю, что всегда буду слушать и учиться у Вас, пока в Барселоне у меня сеть хлеб и вода, которыми я могу обойтись". Учитель предложил Иниго перевести на латинский язык "Христианского воина" Эразма Роттердамского. Ему не понравилась книга знаменитого автора, который призывал реформировать церковь методами, к которым общество не было готово. Вместе с учебой Иниго проповедовал на барселонских площадях и его красноречивые выступления слушало все больше и больше народа. Страстными речами Иниго заставлял провинившихся искренно каяться перед Богом и исправляться на самом деле. Власти Барселоны почему-то не интересовались самозваным проповедником и не мешали его миссионерской деятельности. В портовом городе заговорили о суровом и благородном аскете нравственности и вокруг Лойолы постепенно сложился кружок ревностных последователей. У него появились четыре ученика – каталонцы Артиага, Каллист и Кацерес и француз Жеган. Учитель и ученики стали носить одинаково длинные кафтаны и шляпы серого цвета. На выступлениях Лойолы в барселонских домах некоторые экзальтированные слушатели падали в обморок. Для личного спасения души были необходимы строгий и аскетичный образ жизни и еженедельные исповеди и причастия. Для заботы о душах своих ближних постоянно проводились собрания на частных квартирах, где Иниго пытался морально влиять на слушателей речами, в каждой из которых разбирал одну из десяти божественных заповедей.
Когда закончились два года обучения в барселонской школе, учитель сказал Лойоле, что он весьма преуспел в учебе и может продолжать ее в высшем учебном заведении. Иниго проэкзаменовал доктор теологии, посоветовавший ему то же самое. С XI века в бурно растущих средневековых городах появились universitas, университеты, высшие учебные и научные заведения, которые вели подготовку многогранных специалистов, обладавших всей совокупностью знаний и культуры. Первые высшие светские школы появились в итальянской Болонье, французском Париже, английском Оксфорде и Кембридже, испанской Саламанке. Среднее и высшее образование не разделялось. Все средневековые университеты имели начальные школы, одновременно являясь и крупными научными центрами. Летом 1526 года Лойола и его ученики отправились в многолюдный, оживленный и богатый город Алкала-де-Генарес, который называли средоточием кастильской образованности. В 1498 году знаменитый кардинал и регент Кастилии во времена детства будущего испанского короля и императора Карла V Франческо Хименес-де-Чиснерос основал в Алькале университет. Две недели Иниго и его ученики жили подаянием и проповедовали в городе, пока управляющий алькальским госпиталем Богородицы Милосердной не дал им комнату и все необходимое для существования. Лойола и его товарищи поступили в университет, где начали изучать логику, метафизику, богословие. Преподаватели рассказывали студентам "Логические термины" Доминго Сото, "Физику" Альберта Великого, "Сентенции и изречения" Петра Ломбарского, содержавшие систематическое изложение всей схоластической теологии. Лойола и его ученики переселились в дом испанского дворянина Диего да Гиа, владевшего большой типографией. Иниго и товарищи стали обучать школьников катехизису. Ежедневно они ходили по улицам Алькалы, проповедуя и прося подаяние. Вокруг них стали собираться кающиеся, о них заговорили в городе. Многие обращали внимание на незнакомого босого студента в черном плаще и шляпе с широкими полями. Многие жители называли Лойолу святым и стали приглашать его в качестве исповедника, хотя он вообще не был священником. По доносу из Толедо прибыли члены инквизиторского трибунала. Четверых студентов задержали и допросили, по какому праву "люди в серых кафтанах" разыгрывали роли духовников, не имея никакого права на совершение каких-либо духовных действий, и зачем они проповедовали покаяние тем, кто этого совершенно не хотел. Иниго Лойола узнал, что на него донесли алькальские священники и монахи в беспокойстве потерять свои доходы. Само собой, качество и нравственное содержание проповедей местного клира были намного ниже и слабее проповедей студентов. Но это вообще никого не интересовало. Впоследствии Иниго Лойола, постоянно встречавший активное сопротивление католического духовенства и монашества, учитывая это при создании ордена иезуитов. Именно из-за этого неожиданного завистливого сопротивления общество духовных рыцарей получило такую гибкую и одновременно жесткую структуру. В Алькале будущий святой понял, что его жизнь и борьба за истинную веру может получить смертельный удар вовсе не от язычников и неверных, а от братьев-католиков и даже от руководителей Римской церкви. Лойола решил, что его противники будут узнавать о его ударах тогда, когда они будут их поражать. Теперь его противниками могли стать все, кто мешал Иниго работать во славу Господа.