Следствие вел толедский генерал-викарий инквизиционного трибунала. Он сразу понял, что Лойола не еретик и не сектант, а просто настоящий, но все еще невежественный католик, еще не способный быть ни священником, ни духовником. Через несколько дней с четверых студентов сняли обвинения в ереси и выпустили из тюрьмы. Инквизиторы вернулись в Толедо, а дело было поручено закончить викарию-заместителю местного епископа доминиканцу Фигероа. Через некоторое время он объявил Лойоле и его товарищам, что произведенное следствие и процесс не обнаружили никакой ошибки ни в их учении, ни в их образе жизни. Им запретили носить одинаковую одежду, поскольку студенты не были священниками, и выполнять религиозные службы. Лойоле и его товарищам было приказано вести себя как все прочие студенты. Иниго не сдержался: "Не знаю, какой толк в этих расследованиях? Зачем нам чинят затруднения, если мы не совершили никакой ереси?" Доминиканец спокойно ответил: "Нет, вы не еретики, но если вы учините ересь, вас просто сожгут". Лойола посмотрел на Фигероа и вдруг заявил: "Вас тоже сожгут, если Вы учините ересь!" Доминиканец так же спокойно напомнил Иниго, чтобы он не забыл обуться. 21 ноября 1526 года дело о несостоявшихся еретиках было закрыто, но Иниго Лойоле не пришлось долго учиться в университете Алькалы. В начале 1527 года Фигероа опять арестовал Лойолу и его учеников. Теперь обвинения были гораздо серьезней.
Наслушавшись рассказов Лойолы о его страннической жизни во славу Божью, две замужние дамы решили совершить пешком в нищенской одежде паломничества к Божьей Матери Гваделупской и к Жеанской Плащанице. Ночью доньи Мария де Вадо и Людовика Веласкес исчезли из своих домов. Алькала загудела.
Утром к дому Лойолы пришли альгвазилы и попросили его ненадолго пройти с ними. Через полчаса Иниго уже сидел в алькальской тюрьме. У Фигероа на столе лежали заявления мужей бежавших дам об их исчезновении. Родственники не знали, где их жены, но почему-то уверяли, что это дело рук Иниго Лойолы. Вся Алькала следила за разгоравшимся скандалом. Сорок дней отсутствовали две доньи, и сорок дней апреля и мая 1527 года Иниго сидел в тюрьме. Мать герцога Диего Макведа Тереза Карденас и бывшая кормилица сына Карла V Филиппа Алиенора Маскареньяс попросили выпустить Лойолу под залог, но Фигероа резко отказал. Иниго отказался от адвоката, объявив, что "Тот, ради любви к которому я сюда попал, вызволит меня, если захочет". Лойола узнал, что очередной донос на него написал профессор Алькальского университета Педро Сируэло, которому, очевидно, не нравился красноречивый студент. На допросах Иниго сказал следователям: "Вам следует знать, что эти две женщины много раз горячо убеждали меня в том, что они как странствующие рыцари хотят пойти по всему свету, чтобы служить нищим в госпиталях, но я всегда отговаривал их от этого намерения, поскольку дочь так юна и хороша собой. Я сказал им, что если они хотят навещать нищих, они могут делать это в Алькале, так же как и молиться перед Святыми Дарами". Дело принимало дурной оборот для первого духовного рыцаря, но на сорок третий день взбалмошные доньи вернулись домой из паломничества. Под присягой они подтвердили, что дон Иниго Лопес де-Рекальдо отговаривал их от поездки, и они не послушались его настоятельных советов. Фигероа освободил Лойолу, посоветовав ему не баламутить народ. Ему запретили проповедовать до окончания университета. В конце июня 1527 года Иниго опять пришлось отвечать на вопросы Фигероа. Следствие интересовали многочисленные обмороки слушателей выступлений Лойолы, а также его утверждения о чудодейственной силе, которую дает ему обет целомудрия, данный им еще в Манресе. Интересовались теорией Иниго о различии между смертными и искупаемыми грехами. Это не давало достаточного повода, чтобы осудить Лойолу за ересь, но 1 июня 1527 года в Алькале ощутимо запахло горелыми дровами костра инквизиции. Методы работы испанской инквизиции, разработанные недоброй памяти великим инквизитором Томласом Торквемадой, были широко известны, и дон Иниго Лойола решил пойти к архиепископу Толедскому Фонсеке. Первому духовному рыцарю казалось, что перед ним закрыли все двери для спасения заблудших душ, без всякой причины. В июле Лойола с товарищами вышел из Алькалы и пришел в Вальядолид, к епископу. Фонсека одобрил его решение продолжить учебу в Саламанке и дал денег на дорогу. Незадолго до этого архиепископ Толедский специально для помощи талантливым испанцам основал в Саламанке Старшую коллегию святого Иакова.
Саламанкский университет, лучший в Испании, был образован в 1215 году по указу короля Кастилии Фердинанда III Святого. Ученые крупнейшего европейского и лучшего испанского университета и научного центра в XIII – XVI веках перевели на испанский язык множество трудов гениев человечества, начиная с Авиценны. В Саламанкском университете действовала знаменитая школа эллинистов, изучавшая научное и духовное наследие Древней Греции.
В страшный период инквизиторства Торквемады несмотря ни на что саламанкские ученые, единственные в Испании, изучали гелиоцентрическую систему Николая Коперника. Лойолу и товарищей приняли в университет города, который справедливо называли "маленьким Римом".
В Саламанке с середины июля 1527 года Лойола с учениками учился, ухаживал за больными и проповедовал на улицах. Жители толпами стекались на его выступления, Лойолу опять приглашали в дома знатные люди. Местное духовенство и монашество очень расстраивалось и кто-то уже через десять дней после приезда четырех студентов написал на них донос. В конце июля доминиканский монах и викарий Саламанкского епископа Фриас посадил Иниго в тюрьму, приковав цепью к стене. Почти месяц доминиканские инквизиторы допрашивали Лойолу.
"Мы хотим узнать о вас поподробнее. Мы студенты, учились в Барселоне и Алькале. Что же вы проповедуете? Мы не проповедуем, мы беседуем с людьми о Божественных вещах. Если нас зовут, мы приходим. О каких же Божественных вещах вы разговариваете? Мы беседуем о разных добродетелях и хвалим их. Мы говорим о разных пороках и порицаем их. Вы не ученые, не священники, не монахи, а беседуете о добродетелях и пороках. Говорить об этом можно лишь от учености, или от Святого Духа. Вы не ученые, а значит, вы говорите от Святого Духа. Я не хочу больше говорить об этом. Но почему? Сейчас столько заблуждений, особенно от Эразма Роттердамского, обманувшего целый мир. Вы не хотите объяснить то, о чем беседуете? Отец! Я не скажу больше того, что уже сказал вам. Я буду говорить только перед своими настоятелями, которые могут обязать меня к этому. Ну что же, в конце концов, человеколюбие начинается с себя самого. Оставайтесь в тюрьме. Мы все равно добьемся, что вы заговорите".
Доминиканцы впоследствии говорили, что Иниго Лойола произвел на них сильнейшее впечатление. В тюрьму постоянно приходили монахи, чтобы посмотреть на первого духовного рыцаря. В ордене произошел раскол из-за решения о судьбе Лойолы и инквизиторы были вынуждены соблюдать порядок ведения следствия так, как было положено, а не так, как они это делали обычно. В этот момент Лойола отдал Фриасу свои "Духовные упражнения", которые прочитали многие доминиканские монахи. Три доктора богословия объявили, что в упражнениях нет ничего противохристианского, однако слог сбивчив и неясен, видна неопытная рука автора. 20 августа Иниго Лойолу судили и этот процесс продолжался три дня. Все присутствовавшие на процессе говорили, что Лойола отвечал так, что придраться было не к чему.
"Когда мысль является простительным, а когда смертным грехом? Как необразованный человек может это определить? Верно это определение, или нет, Господь рассудит. Если же вы считаете это неверным, осудите это. Не сыщутся в Саламанке такие кандалы и такие цепи, которых бы я не желал бы ради любви к Господу".
В ночь на 22 августа из тюрьмы из-за оплошности охраны сбежали все заключенные. Лойола и его товарищи остались в пустом узилище и это произвело сильное впечатление на весь город, в котором уже было много сторонников Иниго. 22 августа ему зачитали судебное решение: "Нет никаких ошибок в его жизни и учении. Он может беседовать о Божественном, но никогда не должен определять, какой грех смертный, а какой простительный". В ответ на оправдательный приговор, что само по себе было невозможным явлением в инквизиторском трибунале, дон Иниго Лойола ответил, что подчинится этому решению. Он во всеуслышание объявил, что не одобряет приговор, который не осудил его ни в чем. Ему просто заткнули рот и лишили возможности помогать людям тем, чем он может. Фриас заявил, что Лойола не еретик и его поведение добропорядочно. По окончании богословского факультета Саламанкского университета дон Иниго Лопес де-Рекальдо может проповедовать опять. Учить Закону Божьему он может уже сейчас. Доминиканский викарий очень внушительно посоветовал известному своим красноречием оратору продолжить учебу, поскольку Лойола совсем не искусен в риторике и легко может впасть в ересь. Взбешенный Лойола заявил во всеуслышание, что инквизиция непонятно почему выталкивает его из Испании, в которой не понимают его великих идей. Лойола заявил, что не останется в Саламанке. Суд закончился и его эхо самостоятельно пошло гулять по всей Европе. В начале 1527 года тридцатишестилетний Иниго Лойола оказался на испанском распутье. Господи, Иисусе Христе, Сыне Божий, помоги рабу Твоему Иниго!