Уже Киевская Русь понималась иногда как новый христианский Израиль (митрополит Иларион), но Московскую Русь постоянно и систематически отождествляли с ветхозаветным царством избранного народа. Впервые словосочетание "новый Израиль" встречается в известном послании Вассиана Рыло, архиепископа ростовского, к Ивану III накануне стояния на Угре. Эпитет можно найти также в Степенной книге в связи с завоеванием Смоленска и Казани, во "Временнике" Ивана Тимофеева. Параллели между Россией и древним Израилем появляются в "Житии царя Федора Ивановича" от патриарха Иова, в Новом летописце (об избрании Михаила Федоровича царем). Начиная с 1547 года образ Нового Израиля занял свое место в чине венчания русских царей. На стенах Золотой палаты Кремлевского дворца изображали Иисуса Навина и завоевание "земли ханаанской", а не историю Византии и ее императоров. В конце XVI века Борис Годунов запланировал новое градоустройство Москвы по образцу Иерусалима, а не Царьграда. С 1550-х до 1690-х годов самым значительным обрядом при царском дворе был обряд шествия патриарха на осляти в Вербное воскресенье. До 1656 года шествие шло из Успенского собора до собора Покрова на рву (Василия Блаженного), точнее, до его придела, посвященного Входу в Иерусалим. Патриарх Никон изменил порядок шествия, открывая его у Лобного места и доходя до Успенского собора. Оба варианта подчеркивали восприятие Москвы как Нового Иерусалима.
История древнего Израиля была знакома всем русским по стенописи в храмах, иконописи, Псалтыри и другим текстам. Роуленд совершенно правильно отметил, что этот образ по сути своей не мог включить в себя имперскую идею. Библейский Израиль изображался как маленькое государство, совокупность родов и племен со своими царями, вечно в борьбе с могущественными и безбожными империями - Египтом, Ассирией, Вавилоном, наследниками Александра Македонского. Единственная опора евреев - сам Господь Бог Саваоф, конечно, был самым сильным союзником, но лишь при условии сохранения евреями веры в Него в первозданной чистоте. Отсюда непрекращающаяся похвала совершенного благочестия русских - избранного Богом народа, и равно постоянные обличения несоблюдения русскими обрядов и заповедей. Ассоциация России и древнего Израиля в политическом плане облегчалась славянским переводом титула древнееврейских правителей (мелех ) словом "царь". История древнего Израиля вращалась вокруг дома царя Давида, в истории России ту же роль играли Рюриковичи.
Новый элемент в самосознании, связанный с династией, пришел не из Ветхого Завета, но как часть новых генеалогических легенд. Как известно, в 1510–1520-х годах непризнанный митрополит киевский Спиридон-Савва создал (или в первый раз зафиксировал) легенду о происхождении русских великих князей от римского императора Августа, в то же самое время утверждая, что регалии великого князя Владимир Мономах получил от византийского императора. В отличие от теории "Москва - Третий Рим", эта легенда широко использовалась русскими книжниками. Она перешла в Воскресенскую летопись, Степенную книгу, Государево родословие, ее включили в чин венчания Ивана IV. Эта легенда превращала Рюриковичей - местных князей на северо-восточной окраине Европы - в потомков самых великих царей; они становились равными по "чести и славе" императорам Священно-римской империи, османским султанам и татарским ханам и родовитее польского короля. Титул царя не означал нового обоснования территориальных претензий. В конфликтах и войнах Ивана III и Василия III с Литвой московские князья обосновывали свои претензии тем, что литовские земли являлись их наследством - "вотчиной". Иван Грозный тоже объявил Казань и Ливонию своей вотчиной. Нововведение заключалось в том, что после 1553 года русские дипломаты цитировали легенду как аргумент в пользу признания царского титула. Ни один из царей не постарался оправдать завоевания верховным суверенитетом императора-царя. После 1547 года цари усиленно добивались признания нового титула, но в дипломатии и в войнах представляли себя то как обиженных вотчинников, то как правителей "Нового Израиля", сражающихся за православие против неверных.
Такое понимание места России в мире не менялось до середины XVII века. Тема "Россия - Новый Израиль" встречалась в письменных источниках вплоть до 1680-х годов, а шествие на осляти в Вербное воскресенье сохраняло свой статус среди придворных обрядов до конца века. В первой половине века эта тема начинает исчезать из исторических сочинений - из авторов рассказов о Смутном времени только Тимофеев часто упоминает ее. Историков Смуты занимала проблема поведения царя, особенно отклонения от линии хороших и боголюбивых царей в результате достижения царской власти Борисом Годуновым. Палицын и другие авторы охотно изображали перипетии войны с безбожными "литовцами", но избегали широких заключений о месте России в мире и молили Бога за успех царя Михаила в борьбе с "латыними и мусульманами". Зато в духовной письменности тема "Нового Израиля" встречается постоянно, но в новой, уже чисто религиозной окраске. Не только следы концепции, но развернутое ее изложение обнаруживается в сочинениях Ивана Наседки, Антония Подольского и других писателей. Их видение теории "Москва - Новый Иерусалим" подчеркивает правоту русского православия по отношению к протестантам и католикам и в то же самое время обосновывает новые частые контакты с греками и русинами Польско-Литовского государства. Контакты с греками участились после 1589 года, а как раз после Смуты последовали первые попытки исправления церковных книг на основе греческих текстов под руководством архимандрита Троице-Сергиевского монастыря Дионисия Зобниновского. Книги доставили массовым порядком из православных центров Украины и Белоруссии, где киевская митрополия уже создала свою собственную концепцию "Киев - Новый Иерусалим". Надо сказать, что патриарх Филарет относился к русинам и их сочинениям двойственно: он требовал повторного крещения выходцев из Литвы и даже запрещал ввоз книг оттуда, но церковные полемисты, пишущие под присмотром патриарха, широко использовали литовские рукописи и печатные книги. Литовские книги появились в большом количестве в монастырских библиотеках. Так учение "Москва - Новый Иерусалим" эволюционировало от общей идеи о православной России в борьбе с неверными народами и инославными доктринами до более узкого утверждения ортодоксальности русской церкви.