Исследования последних лет во многом пересмотрели эту точку зрения, явно отражавшую государственно-церковную политическую идеологию России XIX века, созвучную некоторым идейным течениям того времени, таким как славянофильство и панславизм, враждебно смотревшим на тогдашнюю политику Греции и греческой церкви на Балканах (вопрос о болгарском экзархате и т. п.). Историки показали, что православная церковь России на протяжении всего периода с 1453 года до XVIII века сохраняла связи и с литовской Русью, и с балканскими народами (главным образом, греками) и способствовала формированию представлений об участии России в международном сообществе православных христиан.
Главным аргументом в пользу идеи исключительной чистоты православия в России являлась пресловутая теория "Москва - Третий Рим", созданная псковским монахом Филофеем в 1520-х годах. Филофей доказывал, что греки отпали от православия (второй Рим "пал", как и первый) и только Москва еще держится правой веры, хотя грехи русских уже представляют собой серьезную угрозу. Сочинения Филофея стали известны науке уже в 1861–1863 годах, но исторический момент не был подходящим: С. М. Соловьев посвятил Филофею только маленькое замечание и передал знаменитое изречение ("Два убо Рима падоша, а третии стоит, а четвертому не бытии") без всякого комментария. Митрополит Макарий тоже не нашел ничего особенно важного в сочинениях псковского монаха. Только в 1880-х М. В. Дьяконов и Н. Ф. Каптерев в своих работах обратили внимание на концепцию "Третьего Рима", и она стала быстро распространяться среди более широкой публики. Владимир Соловьев упоминает ее в своих стихах:
Судьбою павшей Византии
Мы научиться не хотим,
И все твердят льстецы России:
Ты - третий Рим, ты - третий Рим…
("Панмонголизм", 1894, опубл. 1905)
По стихам Соловьева видно, что людей Серебряного века привлекала не столько "национальная" сторона учения, сколько скрытые в нем апокалиптические предсказания.
Первое научное исследование посланий Филофея проделал киевский ученый В. Малинин в работах 1882–1901 годов. Он разыскал все известные тогда рукописи сочинений Филофея, опубликовал их и подробно проанализировал. Перед читателем предстал образ интересного и страстного писателя XVI века, но вопрос о его влиянии на современников с самого первого момента оказался спорным. Сам Малинин признал, что учение Филофея, "теория исторического призвания русского государства", "явля[ла]сь совершенно исключительною", но потом провозгласил, что "она так верно воспроизводила общий смысл эпохи, так точно угадывала настроение современников, что… вошла в государственные акты". Подтверждения последнего высказывания, между прочим, Малинин не предложил, и сто лет разысканий в архивах и библиотеках ничего не обнаружили, кроме грамоты 1589 года. Некоторые намеки на теорию были обнаружены в неофициальных документах: запись в Псалтыри Д. Годунова, вставка в одну позднюю редакцию "Повести о белом клобуке" (конец XVI века), еще одна подобная, тоже поздняя, вставка в "Казанскую историю". Единственным официальным актом, содержащим отсылки к "Третьему Риму", является Соборная грамота 1589 года о поставлении митрополита Иова на патриаршество. Но здесь сказано, что "ветхий (= первый) Рим падеся Аполинариевою ересью, второй же Рим, иже есть Константинополь, агарянскими внуки от безбожных турок обладаемъ… великое Росийское царствие, третей Рим, благочестием всехъ превзыде…". В настоящем контексте выражение "Третий Рим" не связано с учением Филофея. Согласно грамоте, Второй Рим не пал, а "обладаем" турками, значит, православие греков еще сохраняется, что было совершенно логично, иначе греческие патриархи не могли бы поставить московского митрополита на патриаршество. Как правильно указала Синицына, эсхатология в грамоте совсем отсутствует. Можно добавить, что "Третий Рим" фактически стал почетным эпитетом без отсылок к теории Филофея. Поэтому неудивительно, что и само выражение, и концепция были прочно забыты до появления печатной Кормчей 1653 года. В это время начинается возрождение идеи в работах Никиты Добрынина ("Пустосвята"), Никанора и других старообрядцев. Их оппоненты не разделяли интерес к Филофею и тема оказалась за пределами главных течений русской культуры на целых два столетия.
Ввиду почти полного отсутствия следов учения Филофея в памятниках русской культуры XVI - XVII веков, почти все западные русисты и многие русские историки (в отличие от русских литературоведов) не склонны придавать теории Третьего Рима центральное значение в истории русского национального самосознания того времени. В этом они опираются на указания Я. С. Лурье сорокалетней давности и на фактические данные, а также, частично, на заключения Н. В. Синицыной и А. С. Гольдберга. Многие приверженцы исключительной важности теории передают ее в версии 1589 года, то есть без апокалиптического момента, центрального для Филофея. К тому же русские искусствоведы и историки на Западе нашли в письменности и живописи другой вариант христианского понимания места России в мировой истории - концепция "Россия - новый Израиль" или "Москва - новый Иерусалим".