Большинство известных нам фактов указывают на то, что Петр Могила родился 21 декабря 1596 года, того самого, когда появление в небе кометы, по утверждению его позднейших панегиристов, предвестило важное счастливое событие в жизни Русской православной церкви и ее верующих. Петр появился на свет в Сучаве, тогдашней столице Молдавии, и был третьим сыном Симеона Могилы, в то время молдавского воеводы под властью господаря Иеремии Могилы, старшего брата Симеона.
Политическая ситуация в Молдавии конца XVІ столетия была сложной. В 1402 году она подпала под власть Польши. В середине XV века Молдавию подчинили себе турки, которые готовы были, однако, смотреть сквозь пальцы на ее зависимость от Польши в такой мере, чтобы их союз с последней позволял держать на расстоянии Габсбургов. Молдавия также выступала в качестве буферного государства, на территории которого Польша и Турция противостояли своим извечным врагам - татарам и казакам, стараясь в то же время оставаться в рамках существующих мирных договоров, соответственно с Московией и Габсбургской империей. В результате молдавские господари вынуждены были постоянно маневрировать, прилагая максимум усилий к тому, чтобы сохранить свой трон. Это вело к нестабильности власти, заговорам и постоянным конфликтам между могущественными кланами и их ответвлениями внутри страны.
Преимущественно православная Молдавия поддерживала тесные культурные связи с Галицией, а основным языком церкви и управления в ней был церковнославянский. Польский язык также получил широкое распространение и использовался не только в переписке господарей с польской администрацией, но и в их корреспонденции с Успенским православным церковным братством во Львове (основано ок. 1585 года). "Полемическая религиозная литература XVІ и начала XVІІ в. на польском и рутенском языках… поступала в Молдавию преимущественно через Львовское братство. В свою очередь, многие господари щедро жертвовали на нужды братства, равно как и других православных учреждений за пределами Молдавии, таких как Афонский монастырь в Греции и монастырь Св. Екатерины на горе Синай".
Не только о предках, но, собственно, и о родителях Петра Могилы известно немного. Первый представитель рода Могил упомянут в документах как придворный одного из молдавских господарей в 1490 году. В середине XVІ века Иоанн Могила, дед Петра по отцовской линии, отличился на службе у господаря Александра Лапушнеану. Известно также, что около 1563 года он постригся в монахи, и есть предположение, что он сделал это не по собственной воле.
Восхождение в 1595 году на молдавский трон под протекторатом Польши Иеремии Могилы, дяди Петра по отцовской линии, ознаменовало собой начало династического правления Могил, которое дало Молдавии восемь господарей и продлилось с перерывами 26 лет. Этот период характеризовался наибольшим политическим, культурным и экономическим влиянием Польши на Молдавию. В начале 20-х годов XVІІ столетия ситуация изменилась благодаря кризису в Польше, вынужденной противостоять казацким восстаниям и набегам татар, параллельно ведущей изнурительную войну с Московией, а также ослабленной внутренней борьбой собственной шляхты. Моисей Могила, младший брат Петра, вынужденный бежать из Молдавии в Польшу в 1634 году, был последним представителем рода Могил на молдавском престоле.
С середины XVІ века род Могил поддерживал семейные связи с польской аристократией. Дочери Иеремии, дяди Петра, были замужем за представителями влиятельных родов Вишневецких, Потоцких, Корецких, Пшерембских. Благодаря этим связям представители рода Могил с 1593 года пользовались привилегией индигената, то есть правом владеть землей в пределах Польско-Литовского государства.
Другой дядя Петра Могилы по отцовской линии, Георгий, с 1588 года - православный митрополит Сучавский, по свидетельствам современников, был склонен к поиску путей примирения православных и католиков. Ко времени рождения Петра его отец был молдавским воеводой; он стал господарем Валахии на короткое время в 1601–1602 годах и заменил своего брата Иеремию на молдавском троне в 1606 году. 14 сентября 1607 года Симеон умер, как подозревают, отравленный заговорщиками, среди которых была вдова Иеремии, Екатерина, которая таким образом пыталась расчистить своему сыну Константину путь на престол.
Те достаточно фрагментарные сведения о братьях Иеремии и Симеоне Могилах, которыми мы располагаем, дают представление о честолюбивых, вспыльчивых натурах, вероятно, хорошо образованных, с широкими взглядами правителях, преданных традиционной вере - православию. Согласно свидетельству польского историка XVІІ века Шимона Окольского, Иеремия Могила, признавая политическую власть Польши над Молдавией, оставался непоколебимым сторонником свободы исповедания для православных. В инструкции 1606 года папскому нунцию Франческо Симонетто (1606–1611), посланной из Рима, Симеон Могила характеризовался как "человек, преданный православию, однако так же, как и его [покойный] брат Иеремия, после которого Симеон унаследовал [молдавский] трон, с симпатией относящийся к католикам". Иеремия и Симеон Могилы были известны как покровители львовского Успенского православного братства. Их благотворительная помощь на строительство новой церкви Успения Богородицы во Львове (1598–1630) была увековечена в надписи по окружности внутри главного купола церкви, в которой братья названы ктиторами (основателями) церкви.