После смерти Симеона молдавским господарем на короткое время стал старший его сын Михаил. Однако всего через несколько месяцев ему пришлось бежать в Валахию, где он умер 27 января 1608 года. Попытка Маргиты, вдовы Симеона, возвести на трон старшего из оставшихся сыновей, Гавриила, не увенчалась успехом. О матери Петра известно очень мало, но, судя по всему, она была женщиной с сильным характером и не чуждой интриг: так, Матей Казаку упоминает, что спустя некоторое время она "способствовала свержению ветви Иеремии [Могилы] в Молдавии и [разжиганию] последующих польско-турецких войн". Поскольку после Михаила к власти пришел господарь Константин, сын Иеремии, который, как и его мать, был враждебно настроен к Маргите и ее детям, претендующим на молдавский трон, семья Симеона, по всей видимости, сочла за лучшее оставить Молдавию и около 1608 года направиться в Польшу, где они остановились в Дедилове - городе, принадлежавшем одному из польских родственников Могил, Станиславу Жолкевскому, великому коронному гетману (1613–1620).
С этого времени и до 1621 года о месте пребывания и роде занятий Петра Могилы документальных свидетельств не имеется. Существует лишь указание на то, что в сентябре 1610 года он присутствовал на церемонии пострижения в монахи Стефана, старого слуги его отца. Церемония проходила в Сучевицком монастыре, основанном Иеремией и Симеоном в 1583–1586 годах, фамильном месте захоронения Могил.
Та информация о том, где, чему и у кого учился Могила, которой мы в настоящее время располагаем, - это несколько лаконичных фраз его современников, содержащих скорее намеки, чем достоверные данные, и вкладная запись самого Могилы в книге, подаренной им одному из православных монастырей в Галиции.
Попробуем, однако, проанализировать имеющуюся информацию. К тому моменту, когда Маргита с детьми покинули Молдавию, Петру было около 11 лет. Большинство авторов склоняются к мнению, что, по обычаю аристократических семей того времени, Петра, скорее всего, обучали дома специально посланные для этого преподаватели школы Львовского православного братства. На это, хотя и косвенно, указывает цитируемый Казаку фрагмент посланного из Дедилова во Львов письма Маргиты, в котором речь идет об "учителях и профессоре" школы львовского Успенского братства, обучавших "ее сыновей". Имена сыновей, к сожалению, не названы, но поскольку письмо датируется 1614 годом, когда старшие из живущих сыновей, Гавриил и Петр, были уже слишком взрослыми для домашнего обучения, а четвертый, Павел, умер в 1607 году, и если у Симеона и Маргиты не было других сыновей, тогда речь в письме должна идти об Иоанне и младшем сыне Моисее. Обращает на себя внимание упомянутое в письме Маргиты присутствие "профессора" в числе преподавателей, посланных для обучения отпрысков Симеона Могилы в Дедилов. Формально это может означать, что спектр наук, которые он мог преподавать, охватывал дисциплины от поэтики до теологии. Но поскольку теологию во львовской школе никогда не преподавали, ее из этого ряда необходимо исключить, ограничившись поэтикой, риторикой и философией, причем, вероятнее всего, ее начальным этапом - диалектикой, далее которой преподавание во львовской школе не шло.
Интересно в этой связи обратиться к уже упомянутой вкладной записи, сделанной Могилой на экземпляре составленного им "Литургиариона", изданного в 1629 году типографией Киево-Печерской лавры: "В память себе и родителям своим и своего учителя Христофора Волковидного, иеромонаха, в монастырь Грушевский Щепловский, иде же погребен есть, дана сия книга Петром Могилою Архиепископом Митрополитом Киевским Галицким и всея России Архимандритом Печерским в лето 1636 Апреля 21 дня". Эта запись является лишь недавно введенным в научный оборот и до сих пор неизвестным широкому кругу историков уникальным и единственным достоверным свидетельством о лице, которое имело прямое отношение к образованию Петра Могилы. Разумеется, эта информация ставит больше вопросов, чем дает ответов, самые главные из которых - где и когда мог Волковидный учить молодого Петра? Конечно, крайне интересно было бы узнать о личности самого Волковидного и о том, какое образование получил он сам. В исторической литературе его имя не упоминается, так что эти вопросы требуют целенаправленного и кропотливого архивного поиска. Судя по тому, что Волковидный какое-то время жил и умер в Галиции, не исключена возможность того, что он преподавал в школе львовского Успенского братства, откуда мог быть послан в Дедилов для обучения сыновей Симеона и Маргиты. Однако пока это предположение ничем не подкреплено.
Существуют еще два свидетельства современников Могилы о роде полученного им образования. Одно из них - найденное в письме Мелетия Смотрицкого упоминание о том, что молодой Петр "и по-латыни, и по-гречески учился". Другое - это место в панегирике Феодосия Баевского, преподнесенном Могиле ко дню его рождения в 1645 году, где говорится, что тот "провел свои молодые годы в изучении свободных искусств и на военной службе королю Польши Сигизмунду ІІІ". Из этого пассажа, кажется, следует, что военная служба следовала сразу за годами учения. Таким образом, Петр мог получить образование, которое можно условно назвать здесь "средним" или "неоконченным высшим" в период между 1608 годом, когда семья переехала в Дедилов, до конца 1610-х годов, когда он, вероятнее всего, появился при дворе своего опекуна, гетмана Жолкевского (подробнее об этом см. ниже).