В первой половине пятнадцатого века папство продолжало получать все новые удары. Как показывают движения альбигойцев, вальденсов, катаров и лоллардов, в Средние века ереси, даже крупномасштабные, организованные, поддерживаемые целыми социальными группами, были нередким явлением. Однако восстание гуситов 1419–1436 гг. отличалось от них: оно впервые смогло объединить большую часть традиционно христианского народа ради выступления против официальной религии. Сам Гус совершил ошибку, доверившись мнимой безопасности, которую ему обещали, и в итоге окончил жизнь на костре. Император и правители германских земель подвергли последователей Гуса жестоким гонениям. И все же его идеи не были забыты. Гуситская (Utraquisf) церковь под защитой части чешской знати продолжала действовать в Богемии. Практика этой церкви, особенно в отношении языка богослужения (чешский, а не латынь) и использования вина в таинстве евхаристии (которое пили и священник и прихожане), существенно отличалась от практики Рима, и все же Рим вынужден был терпимо относиться к ней в последующие примерно два века. Значительная часть церковной собственности была конфискована той же самой знатью и более не возвращена. Наконец, легкость, с которой это движение смогло получить распространение от места его зарождения по всей Саксонии, в Мекленбурге и вплоть до побережья Балтийского моря, стала предвестницей грядущей Реформации.
Тем временем основы светской власти церкви подверглись нападкам со стороны новой гуманистической науки, возникшей в Италии. Ключевым ее понятием было восхищение всем классическим, что само по себе предполагало утверждение возможности упорядоченной - даже процветающей и интеллектуально превосходящей - цивилизации без помощи христианской веры. Один из первых симптомов того, что гуманизм и его сторонники, взявшись за дело, могли сделать для уменьшения влияния церкви, появился в 1440 г. О точном происхождении и значении так называемого "Константинова дара", одного из главных документов, который использовало папство, чтобы оправдать свои претензии на монархическую власть над Римом, Италией и Западом, спорили как минимум с X в.; и наконец Лоренцо Валла, использовав хорошее знание классической латыни, завершил этот спор, показав, что "Дар" - это подделка VIII в., причем не очень искусная. Валла, считавший, как и многие его итальянские современники, официальную церковь источником порока, политического раскола и войны, стал знаменитым в одночасье. Он завершил свое выступление, выразив надежду на то, что поскольку намерения церкви отныне разоблачены, принадлежащие ей земли будут быстро секуляризированы, а функции церкви ограничатся духовной сферой, которая единственно ей и принадлежит.
К тому времени становление важнейших монархий было уже свершившимся фактом. Короли либо проводили свои решения через парламент, как в случае с английскими статутами Praemunire (1351) и французскими прагматическими санкциями (1439), либо договаривались с действующим папой и подписывали конкордат. Какая бы процедура ни использовалась, она неизменно вела к потере церковью финансовой независимости и к подпаданию церковной собственности под королевское налогообложение. Уже Эдуард II (1307–1327) сумел вытянуть из церкви больше денег, чем из своих вассалов-мирян, и это только одна из вех на данном пути. В 1366 г. Иоанн Гонт, действуя от имени Ричарда II, официально аннулировал статус Англии как папского феода; когда король, достигнув совершеннолетия, обратился к Риму за помощью в споре с дворянством, этот акт был использован как дополнительное основание к его низложению. Во Франции назначение иностранцев на вакантные церковные должности было запрещено в 1439 году, хотя этот запрет стал окончательным только в 1516 г. Людовик XI (1461–1483) имел список из 600 важнейших церковных приходов, которые были объявлены находящимися под его исключительным контролем, и таким образом он усилил свою власть над духовенством и получил возможность осуществлять патронаж; поставив их над светскими сторонниками, он сделал их еще одним инструментом королевского правительства, известного своей коррумпированностью. Наконец, в Испании король Фердинанд, который вместе со своей женой называл себя "Католическим", назначил себя главой различных воинских орденов, по мере того, как между 1477 и 1498 гг. соответствующие посты освобождались. В 1531 г. Папа Адриан VI принял это действие как fait accompli и утвердил его. Это принесло короне землю и доходы; однако всего лишь десять лет спустя Карл V последовал примеру своего французского коллеги и решительно запретил иностранцам занимать церковные посты в стране.
Другие права духовенства, такие как апелляция к папе против королевского правосудия, так же были урезаны. Во Франции после окончания Столетней войны Людовик XI запретил инквизиции преследовать еретиков кроме как по его личному указанию. Он настоял, чтобы каждый приговор церковного суда повторно рассматривался парижским парламентом (parlement). Чтобы предотвратить заговоры духовенства против него, Людовик XI запретил священнослужителям выезжать за пределы страны, не получив предварительно разрешения. Франциск I (1515–1547) заставил духовенство присягать ему на верность, так же как это делали все остальные подданные, еще на ступень приблизившись к отмене исключительности их положения. Тем временем в Англии в самом начале правления Генриха VIII впервые за 200 лет была проведена всеобщая перепись, определившая, какая собственность принадлежала, а какая не принадлежала церкви (а также какие церкви имели право предоставлять убежище). Некоторые дела, например, составление и исполнение завещаний, были изъяты из-под юрисдикции церкви. Один вид преступлений, ранее подпадавший под церковную юрисдикцию - а именно, клевета, - был отменен, за исключением случаев, когда она была направлена против короля. Здесь, как и в других случаях, церковные власти отныне полностью зависели от взаимодействия с королевскими чиновниками в отношении исполнения приговоров, которые они выносили в делах, все еще остающихся под их юрисдикцией. Это касалось даже консервативных Португалии и Испании; говорили, что не существовало ни одного института, столь всеобъемлюще подчиненного королевскому контролю, как испанская инквизиция. Так или иначе подходили к концу старые добрые времена, когда каждый верховный прелат и каждый аббат высшего ранга имели собственные тюрьмы.
Еще более важным поворотным пунктом в триумфе монархов над церковью стала Реформация. Одной из причин, по которой, в частности, Лютер, самого начала завоевал гораздо более серьезную поддержку, чем предыдущие реформаторы, было именно его утверждение, что его движение не несло революционных черт; он верил, что религии непозволительно вторгаться в сферу светской власти. Эта позиция привела его к написанию обвинительных трактатов против крестьянской войны 1525 г., и в 1530 г. она была формализована, когда вместе со своим соратником Меланхтоном он написал Аугсбургское вероисповедание и процитировал там слова Христа о том, что Его Царство не от мира сего. Другие ведущие реформаторы, особенно Цвингли, Кальвин, Бусер и Беза, посвящали некоторые или все свои работы светским правителям того времени, надеясь получить помощь в распространении своих взглядов.