Как только улеглись страхи государей, касающиеся политических последствий протестантизма, он быстро распространился. Его победа была, пожалуй, наиболее полной в Шотландии, скандинавских странах и в Англии, хотя в последнем случае процесс занял больше времени и завершился по-другому. Однако он охватил значительные части Германии, Богемии, Польши, Венгрии, Швейцарии, Франции и исторических Нидерландов (включавших территорию современных Нидерландов, Бельгии и Люксембурга). Принимало ли течение форму лютеранства, цвинглианства, кальвинизма, англиканства или (шотландского) пресвитерианства, там, куда оно доходило, его сторонники отрекались от повиновения папе. Кроме того, они распустили монастыри как духовные центры церкви и, осуществив крупномасштабную конфискацию церковной собственности, в большой мере ограничили ее экономическую власть.
Процесс изъятия собственности у церкви принимал различные формы. В Германии целые княжества были подвержены секуляризации. Самый примечательный случай произошел в 1525 г. Альберт Бранденбург-Ансбахский, наняв Лютера в качестве советника, использовал свое положение магистра Тевтонского ордена чтобы полностью присвоить его себе. Так он создал новое политическое образование, которое достигало протяженности 120 на 200 миль и стало известно в истории как герцогство Пруссия. В других местах речь шла в основном об изъятии церковных ценностей, как во время движения "низвержения идолов", охватившего Нидерланды в 1566 г. В Швеции король Густав Ваза постановил, что каждая церковь в стране должна пожертвовать по одному колоколу в пользу казны. Но, что важнее всего, Реформация дала возможность правителям заполучить церковные угодья, которые в некоторых странах насчитывали 25–30 % всей земли. Арендаторы, работавшие на земле, часто содействовали этому, радуясь возможности избавится от монахов и священников, которые славились особой требовательностью в отношении арендной платы и других прерогатив землевладельца. После конфискации угодья продавались за наличные деньги или, хотя и реже, сдавались в аренду подрядчикам. Так или иначе результатом было увеличение королевских доходов - иногда в несколько раз, как это было в Англии, благодаря чему Генрих VIII стал первым монархом, который был богаче, чем все его магнаты вместе взятые, а также обеспечение институциональной поддержки реформ, которые стало гораздо сложнее отменить, как только они стали влиять на наполнение людских карманов.
Более того, хотя десятки тысяч монахов и монахинь были просто выброшены с земель и оставлены без средств к существованию, оставшуюся часть духовенства необходимо было обеспечивать.
Традиционно священники являлись членами особой вселенской организации, которая заботилась о них, раздавая им бенефиции. Теперь они либо становились королевскими слугами, обязанностью которых, в силу обстоятельств, было заботиться о человеческих душах, как это было в лютеранских странах, либо им не позволяли вмешиваться в дела правительства, хотя они и сохраняли некоторую автономию в отношении своей внутренней организации и избрания священников, как это было в кальвинистских странах. В последнем случае правители, хотя они официально не назначали себя главами церкви, возлагали на себя ответственность надзирать за ее деятельностью, включая образование (как мирян, так и священников), обряды и молитвы. В лютеранских странах правительство часто заходило еще дальше и после консультаций с придворными теологами само публиковало новые догматы веры. В Англии Генрих VIII, который был не лютеранином, не кальвинистом, а просто двоеженцем с абсолютистскими склонностями, отменил независимость церкви и выпустил целый сборник обязательных вероучительных положений, которые его подданные должны были изучать и исповедовать. С 1539 г. сомневаться в его намерениях больше не приходилось, когда он обязал духовенство поменять старый перевод Библии на новый, отмеченный королевской печатью. На обложке была изображена группа людей, дружно кричавших vivat rex.
Продолжая признавать авторитет папы, католические правители не заходили столь далеко в этом отношении. Но хотя неприкосновенность духовенства и его судебные права оставались куда более обширными, чем при протестантском правлении, многие из них ужесточили контроль над религией; в Империи право на это было санкционировано Аугсбургским миром (1555). Превратив нужду в добродетель, они использовали необходимость воевать за "истинную" религию как удобный предлог для того, чтобы присоединить церковные феодальные владения, конфисковать собственность и обложить налогами, как сделал Карл V в 1520 г., когда он превратил добровольные взносы tercio reale и Cruzada в постоянные обязательные сборы. Франциск I, в свою очередь, постановил, чтобы все церковные имения стоимостью больше 100 000 ливров были проданы, а доходы от продажи были переданы в королевскую казну. Его преемники превратили вымогательство в искусство. Церковную собственность регулярно конфисковывали и так же регулярно продавали обратно ее первоначальным владельцам; как описал этот процесс Мишель де Лопиталь, канцлер с 1560 по 1568 г., "все, чем оно [духовенство] обладает, принадлежит королю", который может продать это в любое время, "никого не информируя об этом". К концу столетия Филипп II Испанский, образец благочестия, довел кастильскую церковь до бедности, забирая половину ее доходов. Его доход от церкви был равен тому доходу, который он получал от Нового Света в качестве хозяина самой большой и богатейшей заморской империи в истории.
Следуя примеру герцога Баварского, католические правители один за другим учреждали советы, в которых миряне неизменно были в большинстве, для контроля за делами церкви, включая распределение должностей и бенефиций. Да и вопросы веры не были оставлены в покое. Карл V, хотя он и был лично тверд в старой вере, проложил этот путь: между 1520 и 1543 гг. его богословы неустанно находились в поиске доктрины, которая, удовлетворив и католиков, и протестантов, могла бы быть объявлена обязательной для них для всех. Во Франции, имеющей свои независимые традиции, где уже в XIV в. считалось, что по доктринальным вопросам решающее слово принадлежит Сорбонне, попытка Тридентского собора дать новое определение католической религии была встречена с тревогой. Непрерывно росло количество французских книг о соотношении прав короля и церкви. В 1549 г. Пьер Питу в Libertès de I'èglise gallicane объявил, что на территории королевства светская власть папы не имеет силы, а его духовная власть ограничена тем, что получило одобрение короля. Когда Мария Медичи, невеста Генриха IV (1598–1610), попросила его принять постановления Тридентского собора в качестве свадебного подарка, ей было приказано больше никогда не вмешиваться в дела государства. Вернемся к Филиппу II: хотя он и не устанавливал вероучительных принципов, но утвердил свою власть так, что папские буллы не могли быть опубликованы в его многочисленных владениях без его предварительного одобрения.