Последним успехом литовской экспансии на русские земли стало завоевание Смоленска. В течение долгого времени Смоленское княжество балансировало между Литвой и Москвой. В 1375 году Ольгерд предпринял разорительный поход на смоленские земли за то, что её князья воевали на стороне Москвы против Михаила Тверского.
В апреле 1386 года войско смоленского князя Святослава Ивановича, выступившего на стороне Андрея Ольгердовича, было разбито Витовтом в битве под Мстиславлем. Святослав был убит. Его сын Юрий, ставший новым смоленским князем, был вынужден присягнуть на верность Литве.
В 1395 году Витовт осадил Смоленск, взял его штурмом и посадил в городе своих наместников.
В 1399 году литовская армия терпит сокрушительное поражение от татар в битве на реке Ворскле. Воспользовавшись ослаблением Литвы, в августе 1401 года князь Юрий Святославич в союзе со своим тестем Олегом Рязанским занял Смоленск, убив литовского наместника князя Романа Михайловича Брянского, а также преданных Витовту бояр. После этого Смоленск успешно выдержал две осады литовскими войсками, в 1401 и 1404 годах, однако когда в том же 1404 году князь Юрий отправился в Москву просить великого князя Василия Дмитриевича о помощи, смоленские бояре сдали город Витовту.
В следующем 1405 году Витовт вторгся в псковскую землю и подверг её страшному разорению. Только под небольшой крепостью Воронач две ладьи были нагружены телами убитых литовцами детей. "Такой гадости, - ужасался летописец, - не было с тех пор, как Псков стал".
Псковичи и новгородцы обратились за помощью к Москве. Понимая, что в случае его бездействия Псков и Новгород разделят судьбу Смоленска, великий князь Василий объявил войну Литве. Однако боевые действия между зятем и тестем (Василий был женат на дочери Витовта Софие) велись довольно вяло, неоднократно прерываясь перемириями, а в 1408 году был заключён мир, продержавшийся несколько десятилетий. Мир был подтверждён в 1449 году и сопровождался обязательством обеих сторон не принимать у себя внутриполитических противников другой стороны и отказом Литвы от претензий на новгородские и псковские земли.
Таким образом, Великое княжество Литовское было вынуждено отказаться от дальнейшей экспансии на русские земли. Отныне основной его целью становится удержание уже захваченных территорий. Как пишут историки Д.Н. Александров и Д.М. Володихин:
"Договор 1449 г. с Василием II оказался переломным моментом между эпохой литовского доминирования и эпохой быстро растущей московской мощи. Литовское рыцарство от долгого пребывания в мире обленилось и утратило воинственность, шляхетское войско Великого княжества мало соответствовало требованиям современного военного искусства, казна никогда не бывала полной".
Относительная лёгкость, с которой Литве удавалось покорять русские княжества, во многом объяснялась тем, что противостоявшее Золотой Орде Литовское государство воспринималось как центр объединения русских земель. Однако к концу XV века ситуация коренным образом изменилась. Окончательно сбросив татарское иго, присоединив Тверь и Новгород, великий князь московский Иван III в 1485 году объявил себя государем "всея Руси", провозгласив тем самым задачу объединения всех русских земель под своей эгидой. С другой стороны, в объединённом унией с Польшей Великом княжестве Литовском православное русское население всё сильней подвергалось дискриминации и притеснениям. Политикой польского короля и католической церкви в Литве были недовольны не только массы русских, украинских и белорусских крестьян и горожан, но и подавляющее большинство подвластных Литве православных княжат.
Точно установить начало войны России с Великим княжеством Литовским невозможно. Формально она никогда не объявлялась, а пограничные стычки не утихали на протяжении 1480-х годов. Начались отъезды православных князей и бояр в Москву. Подобные случаи происходили и раньше. Так, в 1332 году из Киева в Суздальскую землю ушёл боярин Родион Нестерович. Однако в декабре 1489 года начался массовый переход верховских князей на русскую сторону. Впрочем, польские средневековые хронисты пытаются объяснить это личными причинами: дескать, приехавших в Вильно князей не допустили к королю, а одному из них даже прищемили дверью ногу, после чего разобиженные княжата переметнулись под власть Ивана III.
7 июня 1492 года умер польский король и великий князь литовский Казимиру IV. Новым королём Польши стал его сын Ян Ольбрахт, великим князем литовским - другой сын Казимира Александр. Расчленение верховной власти ослабляло позиции Великого княжества. Этим и решил воспользоваться Иван III. В августе 1492 года он послал войска под командованием князя Фёдора Телепня Оболенского на Любутск и далее к Мценску. Союзником Москвы выступил крымский хан Менгли I Гирей.
5 февраля 1494 года был заключён русско-литовский мирный договор. Граница с Литовским княжеством на западе значительно отодвигалась: к Москве отходил ряд русских городов: Вязьма, Алексин, Тешилов, Рославль, Венёв, Мстислав, Торуса, Оболенск, Козельск, Серенек, Новосиль, Одоев, Воротынск, Перемышль, Белёв, Мещера. Литва отказывалась от претензий на Новгород, Тверь и Псков. Мир был скреплён женитьбой Александра Казимировича на дочери Ивана III Елене.
Заключая брак, великий князь литовский давал гарантию, что не будет принуждать свою супругу к переходу в католичество. Однако вскоре он не только нарушил это обязательство, но и предпринял попытку принудительного введения унии среди православного населения Литвы. В частности, в Полоцке между 1497 и 1500 гг. был основан бернардинский костел, и ему передана была земля, которой до этого владела православная церковь Святого Петра.
12 апреля 1500 года в Москву прибыл князь С.И. Вельский, объяснивший свой переход на сторону Ивана III гонениями на православную веру. Вскоре его примеру последовало ещё несколько князей.