Могильную плиту на события, связанные с заговором в Полевом штабе, наложили доклады на I съезде особых отделов И.П. Павлуновского и управляющего делами ВЧК Г.Г. Ягоды от 22 декабря 1919 и 3 января 1920 г. Полевой штаб ни в одном из них не назван, зато сказано, что контрреволюционная организация "Национальный центр" использовал для своих целей аппараты ГУ ВУЗ, ГВИУ, ЦУС, Штаба ж.-д. войск; имел сильные связи в ВЗС, ВГШ и "некоторых главках и центрах"; "почти во всех органах (военного) управления сидели белогвардейцы" (Павлуновский). Объяснение простое: арест нескольких десятков человек, чей контрреволюционный настрой весьма сомнителен, проще было подать в контексте видного дела - таким и стало дело "Национального центра". Историки только в начале 2000-х гг. стали понимать, что корпус генштабистов отнюдь не был единым, а в 1918 г. для любого партийного работника все военные специалисты высшей квалификации и подавно были "на одно лицо". Поэтому в докладе Ф.Э. Дзержинского на заседании Московского комитета РКП(б) от 24 сентября 1919 г. вопрос о подготовке военного переворота в Ставке даже не упомянут в контексте арестов членов "Национального центра" и сотрудников штаба Добровольской армии Московского района (док. 3.7). Особый отдел ВЧК и его руководители подвергались жесткой критике со стороны главы военного ведомства, у них появился шанс отомстить лично Троцкому и поднять свою значимость - если в армии повсюду враги (по заявлению Павлуновского, в конце 1918 г. "контрреволюционная организация (в армии)…окончила свое строительство"; Ягоды - "раскрытые крупные белогвардейские организации, "Национальный центр" и др., показывают, до какой степени контрреволюция внедрилась в наш военный аппарат"), то и значимость особых отделов должна вырасти - перед ними "стоит тройная задача. Во-первых, борьба с персональным предательством, во-вторых, фронтовой контрреволюцией и, в-третьих, с технической контрреволюцией". С точки зрения "связи" "Национального центра" и "заговора в Полевом штабе" представляет интерес наблюдение специалиста по истории белогвардейских спецслужб Н.С. Кирмеля: "Имеющиеся материалы не позволяют однозначно говорить о связи между разведывательными органами А.И. Деникина, А.В. Колчака, Н.Н. Юденича и антисоветским подпольем в Москве, Петрограде и других городах". Какая уж тут связь между Главкомом и генштабистами - с агентами Деникина?
Над подоплекой этих событий в постсоветской период ломали голову биографы Троцкого В.Г. Краснов и В.О. Дайнес, исследователи кадров военного ведомства (С.Т. Минаков, Я.Ю. Тинченко) и специалисты по истории разведки (В. Колпакиди и Д. Прохоров) и др. Считают, что "заговор" имел место, С. Остряков, Е.И. Белов и И.А. Дорошенко, публицист Л. Млечин, Н. Черушев и С.Т. Минаков. Исследователь А.А. Зданович в историографической части своей статьи о "заговоре" дает оценки работам С. Острякова, Е.И. Белова и И.А. Дорошенко, Л. Млечина и Н. Черушева. По оценке исследователя, "С. Остряков не только подтверждает наличие заговора, но и указывает на связь заговорщической группы с французской и польской миссиями, а также с антисоветским подпольем в Москве. Следовательно, "офицерскую организацию" смело можно назвать шпионской, что и было сделано" Е.И. Беловом и И.А. Дорошенко в статье "Создатель советской военной контрразведки". Леонид Млечин в книге "Русская армия между Троцким и Сталиным" искал факты о противостоянии этих лидеров РКП(б). Естественно, по меткому замечанию А.А. Здановича, "эпизод с арестами в Ставке летом 1919 года как нельзя лучше подходил для решения поставленной задачи". Николай Черушев, посвятив 18 старании своей книги "Военное заговоры в Советской России: действительные и мнимые" и не введя в научный оборот новых фактов, сделал одиозный вывод: "…компетентные органы уже в те годы предпринимали меры, чтобы показать свою полезность делу революции, где надо и не надо размахивая карающим мечом".
В параграфе "Слухи о военном заговоре в Красной армии" в исследовании о советском военном руководстве 1920-х годов Сергей Минаков ограничивается пересказом 3-х документов сборника 1975 г. "В.И. Ленин и ВЧК" и позднейшими мемуарами Троцкого. Ссылка на единственный документ предельно неточна: РГВА, ф. 33987 (в фонде секретариата председателя Реввоенсовета Республики 3 описи, тысячи дел и миллионы документов). С.Т. Минаков пишет, что один из участников контрреволюционной группы (скорее всего, имеется в виду состоящий для поручений при Главкоме Е.И. Исаев) заявил, что группа планировала "создать сильный "Генеральный штаб, который влияет на все отрасли жизни страны в целях ее военной мощи, независимо от того, кто стоит во главе правления"", войдя для этого в контакт со служившими у Деникина и Колчака выпускниками Императорской Николаевской военной академии. С.Т. Минаков считает июльские аресты кульминацией событий, начавшихся в мае 1919 г. и связанных с белогвардейской организацией в Петрограде, изменами ряда военных специалистов и сдачей нескольких фортов на подступах к Петрограду.
Остальные исследователи (И. Дойчер, В. Краснов и В. Дайнес, А. Колпакиди и Д. Прохоров, Я. Тинченко, А. Ганин) считают обвинения Главкома и его соратников фальсификацией, но расходятся в определении ее причин.