Апологету главы военного ведомства Льва Троцкого Исааку Дойчеру показалось, что арест И.И. Вацетиса (и, соответственно, его сотрудников) был задумкой главного противника Л.Д. Троцкого - И.В. Сталина. Арест Главкома, предположил Дойчер, должен был в очередной раз унизить Троцкого. На наш взгляд, такое объяснение - результат поздней (1929 г.) положительной оценки Троцким Вацетиса в мемуарах. Версия И. Дойчера представляется малоубедительной: отношения Вацетиса и Троцкого были натянутыми. Показательна телеграмма председателя Президиума ВЦИК Я.М. Свердлова Л.Д. Троцкому от 2 декабря 1918 г., из которой следует, что последний унизил Вацетиса перед его подчиненными. Главком даже подал в отставку, заявив своим коллегам, что не останется на занимаемом посту - даже под угрозой ареста за саботаж. Поставившие об этом в известность Свердлова коллеги Вацетиса опасались, что Главком покончит жизнь самоубийством. Председатель Совета рабочей и крестьянской обороны Ленин и Свердлов сочли уход Вацетиса нецелесообразным и поручили Троцкому "устранить конфликт, чтобы не осталось и следа от него". Сам Вацетис этот эпизод описывал впоследствии иначе: "Л. Троцкий подал жалобу на меня во ВЦИК. На что он жаловался - не знаю. Я заявил… Аралову, что без должной самостоятельности я не считаю возможным продолжать работу по должности Главнокомандующего до разрешения инцидента с Л. Троцким. Я перестал посещать штаб, а свои объяснения и всю переписку направил председателю Совета Обороны т. Ленину. В связи с… инцидентом произошел забавный случай. Телеграмма Л. Троцкого была разослана в незашифрованном виде и сделалась известной в штабе, где вызвала различные толки. Между прочим, до меня дошли сведения, что Л. Троцкий ищет другого Главнокомандующего. Я решил оставить должность Главнокомандующего и послал телеграмму в Наркомвоен Советской Латвии тов. Петерсону К.А. с просьбой предоставить мне место командира полка в Латышской стрелковой дивизии. Петерсон показал эту мою телеграмму Ленину, что вызвало его вмешательство в создавшийся инцидент. Троцкий остался крайне недоволен моей телеграммой Петерсону и решил сорвать свою злобу на комиссаре штаба тов. Гиршфельде, сдавшему означенную мою телеграмму на аппарат, и посадил его на гауптвахту. Получилась какая-то комедия в духе Priegelknabe". Что касается позиции Исаака Дойчера, навряд ли устранение такого сотрудника стало бы унижением для Троцкого, хотя (отдадим ему должное) предположение И. Дойчера о заступничестве Троцкого за Вацетиса полностью подтверждается источниками. Тот факт, что Сталин умело воспользовался ситуацией, еще не означает, что за "заговором" стоял именно он. Сам Троцкий в мемуарах высказал 2 предположения о возможных причинах ареста Вацетиса (с оговоркой - "ничего серьезного за этими обвинениями не крылось"): неосторожные разговоры с "двумя-тремя молодыми офицерами" и чтение биографии Наполеона Бонапарта "на сон грядущий" ("предположения" Троцкого - намеренное искажение фактов).
Я.Ю. Тинченко выдвинул, на первый взгляд, достаточно аргументированную версию подоплеки ареста сотрудников Полевого штаба - необходимость найти виновных в неудачах Красной армии летом 1919 г.. Кстати, именно эту версию можно назвать "официальной": даже в 1922 году на "процессе организаторов Донской повстанческой армии" помощник комиссара Штаба РККА А.Р. Орлинский (представитель общественного обвинения на процессе) упомянул "эпоху 1919 г., когда был открыт врагам наш Южный фронт". И в развитие добавил: "Важность дела не только в том, чего достигли и чего фактически свершили обвиняемые, а в той атмосфере, которую они создали". Вероятно, "заговор в Полевом штабе" стал чем-то вроде "судебного прецедента".