Все эти "необоснованные репрессии" объясняются А.В. Ганиным по сути произволом ВЧК: "репрессивный аппарат, созданный большевиками, начал работать сам по себе"; правда, исследователь делает предположение: "Анализ непростых механизмов взаимодействия ВЧК и РКП(б) объясняет многое (в статье А.В. Ганина найти такой "анализ" крайне трудно. - С.В.)…работу Особого отдела ВЧК от большевистской партии курировал Сталин, являвшийся ярым противником Троцкого, в том числе в вопросе привлечения военспецов. Можно предположить, что политика арестов военных специалистов проводилась с санкции Сталина в целях дискредитации своего оппонента. Прямых доказательств…конечно, нет". Как видим, в этом А.В. Ганин вполне солидарен с А. Колпакиди и Д. Прохоровым. Впрочем, с содержанием последнего процитированного выше абзаца Андрея Ганина мы не можем не согласиться - прямых доказательств "санкции Сталина" нет и быть не может: по крайней мере, к развязыванию следствия по делу Полевого штаба он никакого отношения не имеет. Далее, текст статьи A.B. Ганина: "Считается, что ВЧК находилась в личном подчинении В.И. Ленина и могла игнорировать указания других, даже самых высокопоставленных большевистских руководителей. Однако факты свидетельствуют о неоднозначности этой ситуации. Так, Ленин еще 29 декабря 1918 года просил председателя Петроградской ЧК (курсив мой. - С.В.) освободить бывшего Генштаба генерал-майора Л.И. Савченко-Маценко и бывшего Генштаба полковника Б.П. Полякова, однако первого освободили в январе 1919 года, а второго - 1 февраля". К сожалению, факты "свидетельствуют" о невладении А.В. Ганиным историографией вопроса о кризисе ВЧК в конце 1918 - начале 1919 г. Простое ознакомление со статьей Д.С. Новоселова, а не с его публикацией позволило бы А.В. Ганину понять, что нельзя смешивать Петроградскую ЧК со Всероссийской ЧК. Если бы А.В. Ганин всерьез озаботился знакомством с литературой и хотя бы частью неопубликованных источников о "непростых механизмах взаимодействия ВЧК и РКП(б)", он бы понял, что дело "Ставка" раскручивалось отнюдь не Сталиным и имело конкретные цели.
А.А. Зданович в статье "Был ли заговор в Полевом штабе?" впервые ввел в научный оборот неизвестные ранее документы уголовного дела Георгия Теодори и архивно-следственного дела "Ставка" 1919 г. (ЦА ФСБ России), а также несколько документов РГВА. А.А. Зданович впервые показал, что инициаторами дела выступили отнюдь не чекисты, а совсем другие люди, не входившие в карательную систему режима; у чекистов имелся ряд субъективных (ненависть заведующего Особым отделом ВЧК Михаила Кедрова к генштабисту Полевого штаба Георгию Теодори) и объективных (складывание группы генштабистов, мечтавших о "создании молодого Генерального штаба… в противовес старого") причин, и Зданович сделал вывод: "все, что происходило в Ставке, включая и арест Вацетиса, - это урок, преподанный Лениным своему оппоненту Троцкому". Вместе с тем, А.А. Зданович воссоздал обстановку в Ставке и причины арестов в ней не полностью (не позволил объем статьи). К сожалению, А.А. Здановичу не удалось выявить в ЦА ФСБ дело начальника Полевого штаба Федора Костяева. К тому же настораживает следующее заявление исследователя: "Нет смысла анализировать протоколы допросов подследственных по делу "Ставка": они сообщали чекистам существо своих разговоров, содержавших в том числе и варианты давления на главкома Вацетиса в целях продвижения своих соучеников по Академии Генерального штаба (выпуска 1917 года) на высокие командные должности в Красной армии взамен старых генштабистов, не способных якобы руководить войсками, а также прогнозы о своей участи в случае победы белогвардейцев". Настораживает в том плане, что, по заявлению на допросе генштабиста Николая Доможирова, "началась подготовка к установлению… связи, которая, необходимо сказать, была и велась давно (с начала 1918 года) с Колчаком и Деникиным, с теми политическими партиями, которые существуют подпольно в Москве, с духовенством (патриарх Тихон и Новгородский митрополит Арсений), с существующими в Москве почти всеми подпольными иностранными консульствами". Спрашивается, почему по делу "Ставка" не прошел ни один из тех, с кем встречались генштабисты? В частности допросить патриарха Тихона не составило бы чекистам особого труда…
В данной монографии в контексте бонапартистских замыслов Льва Троцкого (глава 1) воссозданы: личность Главнокомандующего всеми вооруженными силами Республики Иоакима Вацетиса и "коллективный портрет" сотрудников Полевого штаба в ноябре 1918 - июле 1919 г. (глава 2); механизм принятия высшим большевистским руководством решения о чистке Красной Ставки и ход арестов (глава 3); противостояние членов Политбюро Владимира Ленина и Льва Троцкого в вопросах стратегии (глава 4); судьбы арестованных генштабистов (глава 5); реакция Льва Троцкого на аресты подчиненных и влияние "дела" на расстановку сил в Политбюро ЦК и Реввоенсовете Республики (глава 6); послесловие, в котором подводятся итоги исследования.
Исторический контекст взаимоотношений чекистов и сотрудников военного ведомства воссоздают труды специалистов по истории отечественной контрразведки И.И. Васильева, А.А. Здановича, С.В. Леонова, Д.С. Новоселова и др.