А. Колпакиди и Д. Прохоров связали события "заговора" (по сборнику "В.И. Ленин и ВЧК") и арест создателя советской разведки и военной контрразведки консультанта Регистрационного управления генштабиста Г.И. Теодори. Авторы "Империи ГРУ" выдвинули 2 версии. Вторая более простая: сам Дзержинский, ободренный легкостью, с которой ему удалось в начале 1919 г. увести у военного ведомства контрразведку, решил повторить этот номер и с разведкой. К сожалению, авторы "Империи ГРУ" не учли заявление М. Алексеева, рассмотревшего июльские события в контексте истории органов руководства советской разведкой: аресты в Полевом штабе привели "к созданию специальной комиссии для проведения чистки разведорганов". А. Колпакиди и Д. Прохоров, таким образом, поменяли причину со следствием. Первая версия этих исследователей более сложна и несколько приближена к действительности: смерть в начале 1919 г. Я.М. Свердлова разрушила баланс сил в партии большевиков. Пока все логично. Далее начинается вымысел: в итоге, по мнению А. Колпакиди и Д. Прохорова, "малоавторитетный в партийной элите", но занимавший ключевой в период Гражданской войны пост Л.Д. Троцкий фактически занял место Свердлова, что вызвало "ревность" к нему большевистских лидеров Г.Е. Зиновьева и И.В. Сталина. Они использовали Дзержинского для травли Троцкого: с одной стороны, под арестом оказался "близкий" Троцкому Вацетис, а с другой - военная разведка перешла из военного ведомства в ВЧК. Здесь логика идет вразрез с фактами. Во-первых, практический вес Я.М. Свердлова в рядах партийных организаторов был чуть ниже, чем у Ленина: после смерти Якова Михайловича председатель СНК признался, что в руках Свердлова было сконцентрировано руководство советским и партийным аппаратом. Во-вторых, исследователи взяли за основу (естественно, без ссылки) следующий пассаж из монографии М.А. Молодцыгина: Троцкий в заявлении ЦК РКП(б) (март 1919 г.) подчеркнул, что "компартия не монолит, прежде всего, в ее руководящем звене. Если все признавали лидером Ленина, то за второе место шла борьба между Троцким, Зиновьевым и Сталиным. Лидер умело пользовался этим, выступая в роли примирителя, борца за единство". Это высказывание Льва Троцкого в тщательно отредактированном им документе - относиться к нему надо предельно осторожно. Троцкий, которого в партии никогда не считали своим, по определению не мог занять его место. Сталин и Зиновьев хотели его уничтожить как чужака и выскочку, а Ленин всячески разжигал страсти для уничтожения руководимого Троцким альтернативного Совнаркому центра власти - Реввоенсовета Республики. Позиции Сталина вплоть до 1922 г. Ленин укреплял именно для сдерживания властных амбиций Троцкого. Совершенно не понятно, какую выгоду летом 1919 г. мог извлечь из перестановок в высшем военном руководстве Г.Е. Зиновьев: ни одного из его сторонников не ввели в Реввоенсовет. Относительно военной контрразведки вопрос был решен еще до смерти ЯМ. Свердлова - в начале февраля 1919 г. Действительно, указанный вопрос был камнем преткновения ведомств Троцкого и Дзержинского. В конце января 1919 г. состоялось совещание по вопросу об объединении двух органов военной контрразведки - отдела военного контроля (ОВК) Регистрационного управления ПШ (в структуре военного ведомства) и армейских и фронтовых ЧК (в ведомстве ВЧК). Для решения вопроса Дзержинский лично 31 декабря 1918 г. настаивал на приезд в Москву Троцкого. В конце января 1919 г. состоялось совместное заседание руководства ПШ (заведующий большевик С.И. Аралов и консультант генштабист Г.И. Теодори), ОВК (зам. начальника большевик В.Х. Штейнгард) и ВЧК (Ф.Э. Дзержинский и заведующий Особым отделом большевик М.С. Кедров) - председательствовал Дзержинский, Троцкого на совещании не было. ОВК подвергся мощной критике Кедрова, не желавшего делить военную контрразведку с военным ведомством. Штейнгард даже не смог возразить на замечание Кедрова: дескать, в отделе военного контроля "очень мало" большевиков. К концу января 1919 г. РВСР согласился уступить военную контрразведку ВЧК: соответствующее постановление 6 февраля утвердил ВЦИК. В феврале же по военной контрразведке Полевого штаба был нанесен мощнейший удар: находившийся еще на стадии формирования ОВК был изъят чекистами в их ведомство и получил название Особого отдела (ОО ВЧК). Как видим, к смерти Я.М. Свердлова и заговору в ПШ описываемые события никакого отношения не имеют.
В.Г. Краснов и В.О. Дайнес продвинулись дальше остальных: они впервые связали споры в высшем политическом и военном руководстве по поводу стратегических планов летом 1919 г. с арестом Вацетиса и нескольких его сотрудников. Исследователи ввели в научный оборот ряд документов Троцкого и фрагмент обнаруженных ими показаний арестованных генштабистов. Вместе с тем, имевшиеся у исследователей источники позволяют лишь отчасти осветить одну из нескольких причин ареста Главкома - а именно стратегические разногласия Вацетиса с рядом политических лидеров того времени. К тому же не всегда понятно, на чем исследователи базировались и какие конкретно документы цитировали. Книга В.Г. Краснова и В.О. Дайнеса фактически представляет собой аннотированную публикацию документов РГВА и РГАСПИ. Трудности в работе с ней создает то обстоятельство, что архивные документы опубликованы без контрольно-справочных сведений, а литература используется без сносок. Так, упомянув сборник "Реввоенсовет Республики", авторы ограничились некими лирическими отступлениями об историографии исследования. В частности, повествуя о направлениях деятельности РВСР, исследователи не сочли необходимым даже упомянуть о предисловии к сборнику протоколов Реввоенсовета и соответствующей монографии М.А. Молодцыгина, хотя активно использовали и то, и другое.
А.В. Ганин в совсем свежей статье о генштабистах и чекистах во время Гражданской войны обнаруживает незнание даже имеющейся литературы. Исследователь пишет: "Часто в арестах трудно отыскать какую-то логику или необходимость. В 1918 году подвергся аресту один из крупнейших советских военспецов - Ф.В. Костяев, арестованный без причины и без предъявления обвинений"; "непонятно зачем 97 дней пробыл в заключении летом - осенью 1919 года и сам главком И.И. Вацетис, много сделавший для победы большевиков".