Холмской двинулся назад и 14 июля завидел полки новгородские, шедшие по той стороне Шелони; московские воеводы, несмотря на огромную разницу в числе войска (у них было немного более 4000, а у новгородцев — до 40000), решились вступить в битву: ратники их переправились через реку и ударили на новгородцев, которые не выдержали натиска и побежали; по новгородским же известиям, новгородцы прогнали москвичей за Шелонь, но западная рать татарская внезапно ударила на них и решила дело в пользу войск великокняжеских. Как бы то ни было, новгородцы потерпели страшное поражение, потеряли, по их счету, двенадцать тысяч убитыми и тысячу семьсот взятых в плен; в числе последних находился степенный посадник Борецкий вместе с другими воеводами; в обозе победители нашли и договорную грамоту новгородцев с Казимиром и отослали ее к великому князю.
С другой стороны, псковичи, узнавши, что новгородцы жгут их пограничные волости, выезжая из Вышгорода, осадили это место, начали бить пушками, стрелами стрелять, примет приметывать. Первый день новгородцы крепко оборонялись, но на другой день, видя, что у них нет ни запасов, ни воды, вышли со крестами на заборало и начали говорить осаждающим: «В чем вы изобижены, то ведает государь наш и ваш, князь великий, и Великий Новгород; а вы бы над нами свое милосердие показали, мы же вам животворящий крест целуем», — и отдали весь псковский полон, даже стрелы, собравши их на городе или кругом заборал. Псковичи челобитье их приняли, кровь их пощадили, отступили от городка и занялись опустошением пограничных мест верст на 50 и больше. Не так был счастлив другой полуторатысячный отряд псковичей, собранный из охочих людей, которые отправились на север: за рекой Лютой, притоком Плюсы, ударили на них врасплох новгородцы и разбили наголову; но скоро весть о Шелонском поражении заставила победителей бежать с места победы.
Великий князь получил весть о победе, когда стоял в Яжолбицах, в 120 верстах от Новгорода; отсюда он двинулся к югу и стал против Демона, который сдался князю Верейскому, заплативши сто рублей окупа; от Демона Иоанн пошел к Русе и вступил в нее 24 июля; он ждал послов новгородских с челобитьем, потому что еще из-под Демона отпустил в Новгород гонца, ириезжавшего за опасной грамотой, но вместо того получил весть, что Новгород волнуется по-прежнему. Несмотря на Шелонское поражение, несмотря на то, что здесь литовская сторона лишилась предводителей своих, взятых в плен, несмотря на то, что гонец, посланный к Казимиру для понуждения его садиться поскорее на коня за Новгород, возвратился с печальной вестью, что магистр ливонский не пропустил его через свою землю (если магистру не нравилось господство московского князя над Новгородом, то еще более должно было не нравиться господство литовского князя по тогдашним отношениям обоих орденов к Казимиру), несмотря на все это, когда в Новгороде узнали, что Иоанн в Русе, то встал сильный мятеж, сторожа заняли стены и башни, переменяясь день и ночь, а люди по-прежнему разделились: одни хотели за Москву, а другие — за Литву. Узнав об этом, Иоанн сильно рассердился и велел казнить Борецкого с тремя другими знатнейшими пленниками. «Вы за короля задаваться хотели», — сказал он им. Новгородцы приготовились защищаться, пожегши все посады около города, казнили переветника Упадыша, который с своими единомышленниками пять пушек железом заколачивал; но скоро увидали, что сопротивление не может быть продолжительно: хлеб вздорожал, рожь исчезла на торгу, можно было найти пшеничный хлеб, да и того мало. Тогда потребители ржаного хлеба поднялись на потребителей пшеничного, укоряя их за то, что они привели великого князя на Новгород; это значило, что московская сторона взяла верх, и вот нареченный владыка Феофил с старыми посадниками и житыми людьми поехал бить челом великому князю, который стоял уже при устье Шелони, на Коростыне.