Феофил сначала обратился с челобитьем к князьям, боярам и воеводам, чтоб просили за Новгород братьев великокняжеских, а чтоб эти просили уже самого великого князя; митрополит из Москвы также писал, что если новгородцы придут с челобитьем, то чтоб великий князь утолил свой гнев. Иоанн принял новгородское челобитье, велел перестать жечь и пленить и дал мир Новгороду по старине; но за новгородскую проступку взял 15000 рублей деньгами в отчет, а серебром в отвес, кроме того, что передано было братьям великокняжеским, князьям, боярам, воеводам московским за ходатайство. В договоре, заключенном по старине, новгородцы обязались: «За короля и за великого князя литовского, кто на Литве ни будет, от вас великих князей (Иоанна и сына его) нам, вашей отчине Великому Новгороду, мужам вольным, не отдаться никакою хитростью и быть нам от вас неотступными ни к кому; князей нам у великого князя литовского на пригороды не просить и не принимать князей из Литвы в Великий Новгород. А на владычество нам выбирать по своей старине; ставиться же нашему владыке у гроба св. Петра-чудотворца в Москве у вас, великих князей, и у вашего отца митрополита, какой митрополит у вас в Москве ни будет; а в другом месте, кроме Москвы, нам владыки нигде не ставить».
Новгородцы начали переговоры с великим князем, еще не зная о другом своем несчастье: в Двинской области воевода их, князь Василий Шуйский, имея двенадцатитысячный отряд войска, встретился на берегах Двины с устюжским великокняжеским воеводою Образцом и вятчанами, у которых было менее 4000 войска: жаркая битва продолжалась целый день, секлись, схватывая друг друга за руки; двинский знаменщик был убит, знамя подхватил другой, убит был и этот, подхватил и третий, наконец убили и третьего, знамя перешло в руки москвичей, и двиняне дрогнули; князь Шуйский спасся бегством, раненый; новгородский летописец складывает вину поражения на двинян, говорит, что они не тянули по князе Шуйском. С другой стороны, вологодский воевода князя Андрея Васильевича Меньшого повоевал Кокшенгу. Заключая договор по старине, Иоанн возвратил Новгороду его заволоцкие владения, но при этом был сделан строгий перебор, и новгородцы должны были отдать все волости великокняжеские и ростовских князей, захваченные ими прежде и в последнюю войну. Таким образом, многие волости разделились пополам между Москвою и Новгородом, например Емец, Матигоры, Кур-остров, Чухчелема, Ухть-остров, Лисичь-остров; другие, которые прежде мы видели за Новгородом, отошли все к Москве без раздела, например Колмогоры, Ненокса, Уна и проч. Вся земля Новгородская, говорит летописец, до самого моря была пожжена и попленена, потому что опустошали ее не одни те войска, которые были с великим князем или его братьями, но изо всех земель московских ходили толпы за добычею в новгородские волости. Беды не прекратились и по отходе великокняжеских войск: жители Русы, бежавшие в Новгород во время войны, теперь отправились домой по Ильменю; но поднялась страшная буря и потопила их: погибло 90 учанов и 60 малых судов, в одном месте нашли 120 трупов. И не тут только природа объявила себя против Новгорода, за Москву; опасения, что трудно будет идти под Новгород летом по причине многих вод и болот, на этот раз не оправдались; как нарочно, лето было знойное, от мая до сентября не упало ни капли дождя; не было нигде преграды московским ратникам, которые гнали скот по болотам и местам, прежде непроходимым.
1 сентября возвратился Иоанн в Москву: того же 1471 года в декабре приехал туда нареченный владыка новгородский Феофил и был посвящен; Феофил просил свободы новгородским пленникам, и великий князь исполнил его просьбу; отправил и наместников своих в Новгород по-прежнему.