Вместе с тем российское правительство демонстративно заявило, что не считает себя находящимся в состоянии войны с Китаем. Оно считало, что пекинское правительство вынуждено было выступить против иностранцев только под давлением вооруженных мятежников. Самым важным в циркуляре было предложение ввиду освобождения посольств без промедления вывести все иностранные войска из Пекина. Тогда китайское правительство смогло бы вернуться в столицу и само окончательно восстановить порядок.
Союзные державы, и прежде всего Япония, отвергли российское предложение. Тогда русские войска покинули китайскую столицу одни. Тем самым Российское государство продемонстрировало свое добрососедство с Китайской империей. Правительство императора Николая II надеялось обрести в ней союзника, или по крайней мере сделать ее нейтральной, в ожидавшемся военном столкновении с Японией.
Военнослужащие российских войск, участвовавшие в подавлении восстания «ихэтуаней» и защите КВЖД, были награждены специальной медалью. Она изготавливалась из светлой бронзы и имела надпись: «За поход в Китай: 1900 – 1901 гг.» Среди награжденных оказались и защитники города Харбина.
«Боксерские» события дорого обошлись для Китайско-Восточной железной дороги. Материальный ущерб от причиненных разрушений составил сумму в 70,1 миллиона рублей. Огромные ее участки подлежали восстановлению.
В 1901 году начались переговоры между союзными державами и пекинским правительством, в которых приняла участие и Россия.
7 сентября был подписан заключительный протокол. На Китай была возложена новая контрибуция, составлявшая в пересчете на русские рубли сумму около 1,5 миллиарда рублей. Свои требование к Пекину о возмещении понесенных в Китае военных расходов выдвинули Россия, Германия, Франция, Великобритания, Япония, США, Италия, Бельгия, Австрия, Голландия, Испания, Швеция и Португалия. Но требования последних пяти стран носили скорее символический характер.
Победители обязали циньские власти казнить захваченных в плен повстанцев-«ихэтуаней», захваченных с оружием в руках, в том числе и высших сановников. Среди приговоренных к смерти оказались член императорской фамилии князь Дуань и губернатор провинции Юй Синь. Князя Чжуан Ин Няня, заместителя министра налогов, и руководителя уголовного ведомства Чжао Шуци приговорили к совершению самоубийства.
В укрепленном Посольском квартале в центре столицы запрещалось селиться китайцам, ответственность за его охрану принимало на себя пекинское правительство. Для сооружения Посольского квартала было снесено 1400 китайских домов. Форты Таку подлежали срытию, и их запрещалось восстанавливать. В течение двух лет в страну запрещался ввоз оружия.
Переговоры сопровождались упорной дипломатической борьбой. России удалось отстоять свои интересы в Маньчжурии. Политика «открытых дверей» там не действовала, как в других областях Китая. «Маньчжурские интересы» Санкт-Петербурга получили официальную поддержку Берлина, а Токио с Лондоном пришлось отступить.
Продолжая переговоры с пекинским правительством, российская дипломатия в обмен на вывод русских войск из Маньчжурии стремилась добиться там для России привилегированного положения. Через «главного начальника» Квантунской области адмирала Е.И. Алексеева правительство России заключило 9 ноября 1900 года «местное соглашение» с цзяньцзюнем (генерал-губернатором) обширной Мукденской провинции Цзеном. Это соглашение ставило цзяньцзюня под русский протекторат.
В правящих российских кругах не было единого мнения о том, как следовало после «ихэтуаньских» событий управлять Маньчжурией.