В том же году немцы прислали в Новгород посольство с просьбой о мире: Орден отказывался от всех претензий на русские земли и просил об обмене пленными. Мирный договор был заключен.
Пока на севере Руси шла война с Орденом, на юге разворачивались трагические события. В конце 1240 г. войско Батыя вторглось в Южную Русь, захватило Переяславль, Чернигов, Киев, Галич, Владимир-Волынский, множество других городов. Разорив южнорусские земли, Батый двинулся в Центральную Европу. Были опустошены Венгрия, Польша, монгольские войска достигли Чехии и берегов Адриатики. Лишь в конце 1242 г. Батый возвратился в Поволжье. Здесь образовался западный улус Монгольской империит. н. Золотая Орда. На правах завоевателей монголы стали навязывать русским князьям свой сюзеренитет. Первым был вызван в ставку Батыя в 1243 г. отец Александра, великий князь владимирский Ярослав Всеволодич, сильнейший на тот момент из русских князей, князь, не воевавший о татарами (во время их похода на Северо-Восточную Русь он находился в Киеве, а во время похода на Южную Русьво Владимире). Батый признал Ярослава «старейшим» из русских князей, подтвердив его права на Владимир и Киевдревнюю столицу Руси. Но Золотая Орда была пока что частью огромной империи, простиравшейся от Карпат до Тихого океана. И Ярослав был вынужден в 1246 г. отправиться в Монголию, в столицу великого ханаКаракорум для утверждения.
Александр тем временем продолжал княжить в Новгороде. В 1245 г. Новгородская земля подверглась набегу литовцев, дошедших до Торжка и Бежичей. Александр погнался за ними и разбил в нескольких битвах у Торопца, Жижиц и Усвята (в пределах Смоленского и Витебского княжеств); было перебито множество литовских «княжичей».
30 сентября 1246 г. в далекой Монголии умер Ярослав Всеволодич, отец Александра. Он был отравлен матерью великого монгольского хана Гуюка Туракиной, враждебно настроенной к Батыю, чьим ставленником в глазах каракорумского двора являлся Ярослав. После этого Туракина направила к Александру посла с требованием явиться в Каракорум, но Александр отказался ехать.
В 1247 г. великим князем владимирским стал Святослав Всеволодич, младший брат Ярослава (в согласии с древнерусской традицией наследования княжеской власти, по которой братьям отдавалось предпочтение перед сыновьями). Александру, согласно проведенному перераспределению столов, досталась в Северо-Восточной Руси Тверь (при этом он сохранял новгородское княжение). Но в конце того же года Александр и его брат Андрей отправились к Батыю. Очевидно, Ярославичи апеллировали к акту ханского пожалования их отцу, которое давало его сыновьям преимущественные перед дядей права на великое княжение владимирское (позднее на него претендовали только потомки Ярослава Всеволодича). От Батыя оба брата направились в Каракорум, откуда вернулись на Русь лишь в конце 1249 г.
Пока Александр пребывал в степях, в его адрес римским папой Иннокентием IV были направлены два послания. Мысль о контактах с Александром возникла у папской курии в связи о двумя обстоятельствами. Во-первых, его отец встречался в Каракоруме с послом папы Плано Карпини и согласился, по утверждению последнего, принять покровительство римской церкви. Во-вторых, от Плано Карпини папе стало известно об отказе Александра подчиниться великой ханше. В своем послании от 22 января 1248 г. папа настаивал на том, чтобы Александр последовал примеру отца, и просил его в случае татарского наступления извещать о нем «братьев Тевтонского ордена, в Ливонии пребывающих, дабы как только это (известие) через братьев оных дойдет до нашего сведения, мы смогли безотлагательно поразмыслить, каким образом, с помощью Божией сим татарам мужественное сопротивление оказать».
Папскую буллу, очевидно, успели доставить Александру, пока он находился в ставке Батыя в низовьях Волги. Новгородский князь дал ответ, текст которого до нас не дошел; но, судя по содержанию следующего послания папы (от 15 сентября 1248 г.), этот ответ был уклончив или даже в основном положителен в отношении принятия покровительства римской церкви. По-видимому, находясь в неопределенном положении при дворе Батыя, Александр хотел сохранить возможность выбора в зависимости от результатов своей поездки. Во втором послании Иннокентий IV давал Александру положительный ответ на его предложение построить в Пскове католический собор и просил принять своего послаархиепископа Прусского. Но эта булла не успела дойти до Александраон был уже на пути в Каракорум.
В Каракоруме новая правительница Огуль-Гамиш (вдова Гуюка) признала (в 1249 г.) Александра «старейшим» среди русских князей: он получил Киев. Но в то же время Владимир достался Андрею: таким образом, наследство Ярослава Всеволодича было разделено на две части. Александр предпочел не ехать в далекий Киев, сильно пострадавший от татарского разгрома 1240 г., и продолжал княжить в Новгороде. Тем временем к нему явились послы от папы за окончательным ответом на предложение о переходе в католичество. Князь ответил решительным отказом.
Андрей Ярославич, став князем владимирским, заключил союз с сильнейшим князем Южной Руси Даниилом Романовичем Галицким, женившись на его дочери, и попытался вести (как и его тесть в то время) независимую от Золотой Орды политику. Такую возможность ему давало, по-видимому, пожалование владимирского княжения каракорумским двором, враждебным Батыю. Но в 1251 г. великим ханом стал ставленник Батыя Мунке. Это развязало руки золотоордынскому хану, и в следующем году он организовал военные акции против Андрея и Даниила. На галицкого князя Батый послал рать Куремсы, не добившуюся успеха, а на Андреярать под командованием Неврюя, разорившую окрестности Переяславля; владимирский князь бежал, найдя убежище в Швеции (позже он вернулся на Русь и княжил в Суздале). В том же году, еще до похода Неврюя, Александр поехал к Батыю, получил ярлык на владимирское великое княжение и по возвращении (уже после изгнания Андрея) сел во Владимире.
С 1252 г. до своей смерти в 1263 г. Александр был великим князем владимирским. Обосновавшись во Владимире, он предпринял шаги по закреплению за собой прав на Новгород. Ранее новгородское боярство могло приглашать к себе князей из разных русских земель: Владимиро-Суздальской, Смоленской, Черниговской. Со времен Александра установился новый порядок: Новгород признавал своим князем того, кто занимал великокняжеский стол во Владимире. Таким образом, Александр, став великим князем владимирским, сохранил за собой и новгородское княжение. В Новгороде он оставил своего старшего сына Василия, но в качестве не самостоятельного князя, а своего наместника.
Новгородское боярство не сразу приняло новый порядок. В 1255 г. сторонники продолжения существования самостоятельного новгородского княжения выгнали из города Василия Александровича и пригласили младшего брата Александра Ярослава (в 1252 г. бывшего союзником Андрея, бежавшего в Псков и княжившего там до 1255 г.). Александр двинулся на Новгород войной, но не стал штурмовать город, а предпочел путь переговоров. Вначале он требовал выдать своих противников из числа новгородской знати (Ярослав при приближении Александра бежал из города). Новгородцы соглашались признать Александра своим князем, но с условием прощения главарей мятежа. Наконец, Александр смягчил свои требования, ограничив их смещением неугодного ему посадника; это было исполнено, князь вошел в город, и установился мир.
В следующем, 1256 году шведы попытались построить город на восточном, русском берегу реки Наровы. Александр находился тогда во Владимире, и новгородцы послали к нему за помощью. Услышав о сборе русских войск, шведы оставили свою затею и уплыли «за море». Александр, прибыв в Новгород, отправился в поход, причем не сообщил поначалу пошедшим с ним новгородцам, какова его цель. Оказалось, князь задумал нанести удар по захваченной шведами в 1250 г. Юго-Восточной Финляндии. Поход был в целом успешнымбыли разрушены опорные пункты шведов в земле финского племени емь. Но на долгий срок ликвидировать власть Швеции над этой частью Финляндии не удалосьпосле ухода русских войск шведская администрация восстановила свое правление.