Незабаром після розстрілу тисячі ста одинадцяти політичних вязнів розпочалася чистка в рядах соловецького начальства. Начальника Соловецької вязниці Івана Апетера арештували 26 грудня 1937 р. і розстріляли в Москві 22 серпня 1938 р.
Його заступник Петро Раєвський начальником побув не довго лише до жовтня 1938 р. Відтоді він працював начальником Новочеркаської вязниці НКВД. 10 листопада 1939 р. його заарештували і невдовзі розстріляли.
Під «розстрільними» протоколами трійки УНКВД по Ленінградській області стоїть підпис Леоніда Заковського, справжнє імя якого Генріх Штубіс. Один з найвідоміших чекістів сталінської доби, латиш за походженням, Заковський належав до ревних виконавців репресивної політики, про його діяльність було створено чимало міфів і легенд.
Він був особою, близькою до Ф. Дзержинського, і зробив блискавичну службову карєру. Але його жорстокість вражала навіть колег. Про нього згадував колишній відповідальний співробітник НКВД М. Шрейдер: «Коли Заковський, відомий старим чекістам як карєрист і аморальна людина, прибув до Ленінграда, там розпочалися безпідставні арешти комуністів і керівних позапартійних співробітників, яких звинувачували у приналежності до троцькістсько-зіновєвської опозиції. Чекісти, які працювали у той період у Ленінграді, розповідали, що за наказом Заковського у числі інших було заарештовано, вислано або розстріляно багато радянських громадян лише за те, що вони мали таке саме прізвище, як вбивця Кірова Ніколаєв».
Активність начальника УНКВД по Ленінградській області у викритті ворогів народу була настільки бурхливою, що керівникам НКВД часом доводилося навіть стримувати його. Скажімо, коли Заковський написав довідку про незадовільну роботу військових заводів міста і вимагав покарати винних, то навіть Ягода здивувався: «А де тут контрреволюція, де шкідництво?»
Робота Заковського у Ленінграді дістала найвищу оцінку керівництва. 26 листопада 1935 р. він здобув звання комісара державної безпеки 1-го рангу, яке дорівнювалося званню командарма 1-го рангу і сучасному званню генерала армії, а потім нагороджений орденом Червоної зірки і орденом Леніна.
Заковський нахвалявся, що й самого Карла Маркса змусив би зізнатися у роботі на Бісмарка, і мав серед єжовців репутацію начальника, у якого всі 100% заарештованих зізнавались у шпигунстві.
Інколи Заковський і сам брав участь у знищенні «ворога». Коли Єжов розпочав чистки людей Ягоди, чекістів арештовували і розстрілювали одного за одним. Але заарештувати начальника 7-го іноземного відділу НКВД комісара 2-го рангу А. Слуцького не наважувався. Тоді він доручив Фриновському «розвязати» це питання. 17 лютого 1938 р. начальник ГУГБ запросив Слуцького до свого кабінету на доповідь. Невдовзі туди завітав Заковський і сів поруч із доповідачем. У середині доповіді Заковський несподівано накинувся на Слуцького та затис йому рота хустиною з хлороформом. Тут же з сусідньої кімнати зявився Альохін зі шприцом у руці й зробив жертві інєкцію отрути. Співробітникам НКВД повідомили, що Слуцький перенервував під час доповіді, а газета «Правда» надрукувала зворушливий некролог про вірного сина партії.
Та навіть і ця активність не врятувала Заковського від загибелі. 16 квітня 1938 р. його усунули з усіх посад у НКВД, через чотири дні призначили начальником будівництва Куйбишевського гідровузла, а ще через девять днів заарештували. 29 серпня 1938 р. Військова колегія Верховного суду СРСР засудила Заковського на смерть. Вирок було виконано того ж дня.
Були знищені і його найближчі родичі.
16 серпня 1937 р. зявилася спеціальна директива М. Єжова:
«1. З 25 серпня розпочати і в двомісячний термін закінчити операцію по репресуванню найбільш активних контрреволюційних елементів з числа утримуваних у тюрмах ГУГБ, засуджених за шпигунську, диверсійну, терористичну, повстанську і бандитську діяльність, а також членів антирадянських партій та інших контрреволюціонерів, які проводять у тюрмах ГУГБ активну антирадянську роботу.
У Соловецькій тюрмі ГУГБ репресуванню піддати також бандитів і карні елементи, які ведуть у тюрмі злочинну роботу.
2. Всі перераховані контингенти після розгляду їхніх справ на Трійках при УНКВД підлягають розстрілу.
3. Вам для Соловецької тюрми затверджено для репресування 1200 осіб».
19 серпня 1937 р. ця директива надійшла у Ленінград, і Л. Заковський передав її для виконання своєму заступникові В. Гаріну. У серпні і вересні керівництво і оперчекістська частина Соловецької тюрми підготували і передали в Ленінград 1116 довідок і тюремних справ на вязнів, які підлягали розстрілу. Потім були складені «розстрільні» протоколи.