В речи перед жителями Данцига 19 сентября Гитлер говорил о «всемогущем Боге, который теперь дал благословение [немецкому] оружию». Озвучил он и загадочное и зловещее для Британии и Франции предупреждение: «Очень скоро может наступить момент, когда мы используем оружие, которым нас атаковать не смогут».
Из Данцига Гитлер отправился в гостиницу в курортном городке Сопот. Здесь перед группой лиц, в состав которой входили его личный врач доктор Карл Брандт, начальник канцелярии руководителя партии Филипп Боулер и имперский руководитель здравоохранения доктор Леонардо Конти, фюрер изложил свои планы умерщвления психически неполноценных внутри самой Германии. Следовало поддерживать чистоту немецкой крови. Конти выразил сомнения в наличии, с медицинской точки зрения, научной базы, которая указывала бы, что эвтаназия может привести к каким-либо евгеническим результатам. Всерьез разговор велся только о наиболее быстром и наименее болезненном методе убийства. Подписав приказ 1 сентября, Гитлер предоставил Боулеру и Брандту «полную ответственность за увеличение полномочий определенных докторов, чтобы они могли наградить милосердной смертью тех, кто неизлечимо болен согласно всем человеческим стандартам после самого тщательного критического обследования их здоровья».
Оперативным центром программы эвтаназии стал дом 4 по Тиргартенштрассе в пригороде Берлина. Именно его адрес дал название самой программе, известной как «Т-4». Главой ее стал тридцатисемилетний Вернер Хайде профессор неврологии и психиатрии Вюрцбургского университета, который вступил в партию нацистов на волне ее политического триумфа в 1933 г. С этого времени началось прочесывание психических лечебниц в поисках тех, кого можно было удостоить «милосердной смерти». Один из нацистских экспертов по эвтаназии, доктор Пфанмюллер, высказался следующим образом: «Я не могу вынести мысль о том, что наша молодежь должна терять жизнь на фронте для того, чтобы слабоумные и асоциальные элементы могли безопасно существовать в больнице».
С первых дней операции «Т-4» основное внимание уделялось маленьким и особенно новорожденным детям. В Гёрдене близ Бранденбурга государственное педиатрическое учреждение создало специальное психиатрическое детское отделение, куда поступали и где уничтожались дети со всей Германии. Работавший там доктор вспоминал позднее, что одной из их целей было «усыпить новорожденных как можно скорее», чтобы избежать установления «тесных связей между матерями и детьми».
Началась программа эвтаназии. Немцев, признанных безумными, умерщвляли в Гёрдене и шести других учреждениях по всей Германии. В первые два года войны таким образом погибли десятки тысяч человек жертвы извращения медицинской науки.
В Польше силы специального назначения СС продолжали убивать евреев в городах, которые оказывались под контролем Германии. 20 сентября оперативный отдел 14-й немецкой армии сообщал, что в войсках растет беспокойство «из-за в большинстве своем незаконных действий», предпринимаемых на занятой армией территории специальными силами под командованием генерала фон Войрша. Солдаты были особенно недовольны тем, что эсэсовцы фон Войрша, вместо того чтобы сражаться на фронте, «вынуждены демонстрировать свою храбрость перед беззащитными гражданскими». Фельдмаршал фон Рундштедт немедленно заявил, что более не потерпит нахождения в зоне боевых действий специальных сил СС фон Войрша, и потребовал прекращения антиеврейских мероприятий, которые уже начались в районе Катовице.
Кризис, возникший в отношениях между профессиональными военными и эсэсовцами, разрешить было нельзя. Теперь подготавливались куда более масштабные планы. 21 сентября Рейнхард Гейдрих созвал командиров всех частей СС в Польше на экстренное совещание в Берлин. Офицеры, которые не смогли присутствовать, получили по итогам дискуссии секретные записки. В них говорилось, что «конечная цель» политики Германии в отношении евреев должна храниться в «строгой тайне», а ее достижение займет «продолжительное время». Вместе с тем в качестве предварительного требования для выполнения «конечной цели» следовало сконцентрировать евреев в ряде крупных городов. Евреев, живших вне этих городов, и в особенности евреев Западной Польши, надлежало туда депортировать. Западная Польша должна быть «полностью очищена от евреев». Все сельскохозяйственные земли, принадлежавшие евреям, следовало у них изъять и «поручить заботе» местных немцев или даже польских крестьян. Депортированных в города евреев предполагалось запереть в одном конкретном квартале, запретив им появляться в других частях города. Своевременное исполнение приказов немцев относительно передвижения евреев предполагалось возложить в каждом городе на совет еврейских старшин. В случае «саботирования таких инструкций» советам грозили «самые строгие меры».