После Гампопы школа Кагью разделилась на несколько ветвей подшкол или субтрадиций, которые называются «четыре большие и восемь малых». К «четырем большим» относятся Карма-Кагью, Пагмо-Кагью, Цалпа-Кагью и Баром-Кагью36. От них, в свою очередь, развились так называемые восемь малых традиций. Хотя большинство из двенадцати традиций не выжило как независимые, четыре из них по-прежнему остаются особенно важными и сегодня37. Наиболее влиятельной из них по сей день остается подшкола Карма-Кагью38, чей глава носит имя Кармапа. Именно с этой школой связано начало практики поисков «перерожденцев» (тиб. тулку) его иерархов Кармап. По мнению Е.А. Островской, рост популярности школы Карма-Кагью главным образом был связан с введением института тулку (санскр. нирманакая тело воплощения)39. Наиболее влиятельными и сегодня, кроме Карма-Кагью, остаются три ответвления Пагмо-Кагью Дрикунг-Кагью, Таглунг-Кагью и Другпа-Кагью40.
Можно согласиться с А. Берзиным, который утверждает, что «религиозная история развертывается не в безвоздушном пространстве, она связана с историей политической»41. И это напрямую можно отнести к истории развития основных буддийских школ Тибета, каждая из которых (кроме школы Ньингма) в определенный период была втянута в политическую борьбу за власть, сопровождавшуюся конфликтом между последователями той или иной школы. Такая ситуация была связана с тем, что в Тибете буддийская идеология служила основным инструментом легитимации власти и права на земельную собственность, и аристократия в своей борьбе использовала религиозное влияние на мирян и авторитет школьных традиций. Иерархи школ тибетского буддизма одновременно представляли и интересы аристократии, что во многом способствовало становлению теократической формы правления в отдельных регионах Тибета42.
Дж. Туччи замечает, что различия между школами тибетского буддизма не всегда были очень глубокими. Они происходили большей частью из-за определенных особенностей методов достижения просветления, из-за предпочтения той или иной тантры или из-за различия в интерпретации опыта медитации. Несмотря на различия в деталях, большинство учителей многих школ легко соглашались с тем, что разного рода разногласия не должны влиять на единство религии. Множество точек зрения воспринималось как существование равноценных путей с точки зрения конечной цели, но разнообразных по методам их прохождения43. Поэтому можно говорить о том, что борьба за политическое и идеологическое господство в Тибете велась между аристократией последователями той или иной школы тибетского буддизма, а школы, в свою очередь, оказывались вовлеченными в интриги аристократических семей, поддерживающих их44.
К XIII в. среди сформировавшихся школ тибетского буддизма45 наибольшим влиянием обладала Сакья во главе с Сакья-пандитой, который стал теократическим правителем Тибета. Этому способствовали тесные контакты сакьяпинцев с правителями монгольской императорской династии Юань в Китае46. Однако, после падения в Китае в 1368 г. этой династии и провозглашения новой национальной династии Мин (13681644) позиции Сакья в Тибете существенно ослабли. Таким образом, со второй половины XIV в. начался постепенный упадок школы Сакья47.
Новый толчок ко второй религиозной гегемонии в пределах всей страны связан с двумя аристократическими кланами Пагмоду и Ринпунг, которые являлись последователями Карма-Кагью и Дрикунг-Кагью48. Возвышение школы Кагью, начавшееся с XIV в. и продлившееся три столетия, объяснялось тем, что боровшиеся за политическое господство в XVXVI вв. кланы Пагмоду и Ринпунг были последователями субтрадиций этой школы. Официальное религиозное лидерство было признано за Карма-Кагью.
Период ожесточенной борьбы между кланами Пагмоду и Ринпунг за политическое господство в стране и обладание Центральным Тибетом совпал по времени с развитием и зарождением новой школы Гелуг. Школа Гелуг, возникшая позднее других, в XIVXV вв., во многом выступила преемницей традиции Кадам.
Основателем школы Гелуг принято считать Дже Цонкапу (13571419). О нем говорят как о реформаторе, чьи преобразования были направлены на возвращение к строгому соблюдению правил Винаи и на систему буддийского образования. Цонкапа оценивал другие школы тибетского буддизма как несовершенные в монашеской дисциплине, академическом обучении и тантрической практике49. Таким образом, в школе Гелуг на передний план выдвигалось монашество, и огромное внимание уделялось системе религиозного образования. Школа Гелуг прославилась своими мощными монастырями-университетами50, в которых обучение строилось по единой образовательной программе.