Период ожесточенной борьбы между кланами Пагмоду и Ринпунг за политическое господство в стране и обладание Центральным Тибетом совпал по времени с развитием и зарождением новой школы Гелуг. Школа Гелуг, возникшая позднее других, в XIVXV вв., во многом выступила преемницей традиции Кадам.
Основателем школы Гелуг принято считать Дже Цонкапу (13571419). О нем говорят как о реформаторе, чьи преобразования были направлены на возвращение к строгому соблюдению правил Винаи и на систему буддийского образования. Цонкапа оценивал другие школы тибетского буддизма как несовершенные в монашеской дисциплине, академическом обучении и тантрической практике49. Таким образом, в школе Гелуг на передний план выдвигалось монашество, и огромное внимание уделялось системе религиозного образования. Школа Гелуг прославилась своими мощными монастырями-университетами50, в которых обучение строилось по единой образовательной программе.
Гелуг довольно быстро приобрела значительную популярность среди простого населения и уже в XV в. имела последователей почти повсеместно. С конца XV в. и вплоть до середины XVII в. школа переживала самый тяжелый этап своего утверждения среди других школьных традиций, испытывая давления со стороны последователей Кагью. В конце XV начале XVII вв., когда политическая власть оказалась полностью в руках аристократической семьи Ринпунг, а затем правителей Цанга, школа Гелуг стала подвергаться вытеснению с территории Центрального Тибета51. Когда в начале XVII в. в открытое вооруженное противостояние с Ринпунгами вступают ранее бывшие у них в подчинении правители района Цанг, в этот конфликт оказывается втянутой школа Гелуг, крупные монастыри которой находились в этих районах.
Тогда высшие иерархи школы Гелуг обратились за помощью к джунгарам, которые откликнулась на просьбу, вторгнувшись в Тибет во главе с Гуши-ханом. В 1640 г. Гуши-хан разгромил прибывшие в Тибет кукунорские монгольские войска, поддержавшие Карма-Кагью. В 1642 г. он захватил Цанг и казнил правителей этого района гонителей школы Гелуг52. В этом же году Гуши-хан возвел Пятого Далай-ламу на престол, наделив его всей полнотой верховной власти над Тибетом.
В период правления Пятого Далай-ламы Лобсанга Гьяцо была сформулирована концепция теократического управления страной, согласно которой Далай-ламы являлись человеческими воплощениями Бодхисаттвы Авалокитешвары, выступая носителями сакральной силы политической и религиозной власти. Для легитимности статуса Далай-ламы как теократического правителя активно привлекались терма школы Ньингма53.
С этого времени термин «далай-лама» приобрел новый смысл им теперь обозначался институт теократического правления в масштабе всего Тибета, а не только статус религиозного главы школы Гелуг.
Пятый Далай-лама провел политико-административную реформу, которая предполагала увековечивание политического господства Далай-лам в тибетском государстве, управление которым полностью передавалось в руки религиозной иерархии. Правящая же гелугпинская верхушка возглавлялась, согласно этой концепции, самим Авалокитешварой, почитавшимся всеми школами тибетского буддизма54.
Таким образом, буддийские учения, распространившиеся в Тибете двумя волнами, ранним распространением (VIIIX вв.) и поздним распространением (XXIII вв.), дали начало множеству традиций, из которых выделяются четыре основных школы тибетского буддизма Ньингма, Кагью, Сакья и Гелуг. К XVII в. все школы представляли собой зрелые религиозно-идеологические образования, располагавшие устойчивыми структурами передачи традиций, монастырской системой, соответствующим кругом мирских последователей. Школа Гелуг, естественно, пользовалась наибольшими привилегиями. Хотя она занимала иногда жесткую позицию в отношении некоторых школ тибетского буддизма (особенно, Кагью и Джонанг), это не привело к атмосфере нетерпимости в тибетском обществе: бонская традиция и буддийские школы продолжили свое существование, их монастыри развивались или приходили в упадок в зависимости от степени поддержки их почитателями.
Институализация школы Ньингма и формирование канона
Названия ньингма («старая») и ньингмапа («последователь старых переведенных текстов») фиксируют базовое отличие этой школы от других школ тибетского буддизма Гелуг, Сакья, Кагью, которые классифицируются как сарма, то есть, школы «нового перевода».