В строении кровеносной системы крокодилов, по сравнению с другими пресмыкающимися, наблюдается ряд крупных эволюционных преобразований. По уровню развития в классе она самая совершенная и близка по строению к кровеносной системе птиц и млекопитающих. Левый и правый желудочки сердца полностью разделены, но при этом сохраняются обе дуги аорты. Левая дуга аорты переходит в чревную артерию, снабжающую кровью кишечник. Правая дуга аорты переходит в спинную аорту, несущую артериальную кровь к голове, мышцам тела и ко всем органам, нуждающимся в особенно богатой кислородом крови. В месте пересечения двух дуг аорты между ними имеется небольшое паницциево отверстие, через которое благодаря разнице кровяного давления в дугах артериальная кровь поступает из правой дуги в левую. Существенно различаются пути передачи крови во время дыхания в воде и на суше. При нырянии крокодила в сосудах легочного круга повышается сопротивление кровотоку, в результате чего венозная кровь из правого желудочка начинает поступать в левую дугу аорты. Когда же крокодил дышит атмосферным воздухом, венозная кровь из правого желудочка поступает только в легочную артерию.
У крокодилов есть крупные мускусные железы, из-за которых некоторые племена Африки часто на них охотились. Мускусные железы располагаются глубоко в коже на нижней поверхности головы, а точнее – внутрь от ветвей нижней челюсти. Подобные железы располагаются и по бокам клоаки, но для охотников они представляли меньший интерес, так как считались «нечистыми». Железы выделяют секрет коричневого цвета с сильным запахом мускуса. Продуктивность желез значительно возрастает во время периода размножения, когда крокодилы с их помощью метят границы своей территории. Для этого они нагребают лапами большие кучи прелой листвы и веток, а затем трутся об них уголками рта.