Того ж часу виявилися проблеми і з виконанням того пункту Березневих статей, де йшлося про кількість козацького реєстру. В нього передбачалося занесення 60 тисяч чоловік, але царський посланець почув від гетьмана, що складати такий реєстр в умовах війни неможливо. Хмельницький наполягав на тому, що зараз по факту козаками вважає себе значно більша кількість українців.
Ще одним чинником посилення українсько-російської напруги стала проблема Слобожанщини. Туди під час останніх війн на території України потрапило чимало козаків і селян, які або не хотіли перебувати в розорених землях, або не були згідні з політикою гетьмана Хмельницького (не треба думати, що цей видатний лідер впливав на українців лише вмовляннями). Гетьман нарікав московітам, що вони вкривають у себе цих біженців, але це не завадило царському уряду продовжувати заохочувати переселенців, звільняючи їх від податків і закріплюючи їх права на слобожанські землі. Проте, тут недоброзичливість була з обох боків. Москва теж мала повне право бути невдоволеною перебуванням в Україні багатьох втікачів з Росії – колишніх кріпаків. Військо Запорозьке не мало традиції видавати таких людей, бо й само було значною мірою складено з селян, що шукали волі.
Ми вже говорили про те, як український уряд не звернув увагу на вимогу Москви узгоджувати з нею зовнішню політику. Джерела свідчать, що ще до Віленського перемир’я Чигирин мав відносини, наприклад, зі Швецією. Царські урядовці були проти цих стосунків, але Богдан Хмельницький поясняв, що цей союз необхідний і Росії, і намагався підтримувати дружні відносини з далекою північною державою. Тоді московіти затримали послів, що були відправлені з України до Швеції. Згодом виникла ще одна проблема. В 1655 році гетьманський уряд вів переговори з посланцем від Польщі – до речі, родичем Івана Виговського – Федором Виговським. Незважаючи на явне порушення Березневих статей, тоді Москва не наважилася відкрито виступити проти цих переговорів. Влітку 1655 року гетьман вів самостійні і таємні переговори з представниками придунайських князівств. Нарешті, вже згадувалося, наскільки різними були позиції Росії і України до можливості продовження бойових дій в Польщі пліч-о-пліч зі шведами. В 1656 році Москва вийшла з війни з Річчю Посполитою, не порадившись з гетьманом. Зі свого боку Хмельницький увійшов в антипольську коаліцію, одна з держав якої (а саме Швеція) перебувала у стані війни з Москвою.
Таким чином, можна говорити про те, що Івану Ви-говському досталася вже непроста спадщина українсько-російських відносин. Маса суперечок мала місце ще при Б. Хмельницькому, а ще більше обіцяло початися завдяки глибинним протиріччям в основах внутрішньої політики, в зовнішньополітичних інтересах, державницьких доктринах України і Московії.
Вже влітку 1657 року складаються дуже гострі відносини стосовно прав, що мали щодо свого населення гетьманський уряд і вся козацька верхівка. Намагаючись реалізувати на практиці свою владу щодо міст і сіл України, представники старшини наштовхнулися на опір міщан і селян. Деякі пересічні українці і рядові козаки побачили можливість уникати податків і обов’язків, що на них накладали нові господарі – заможні та владні старшини – за допомогою московського царя, який охоче приймав такі скарги. Царський уряд почав видавати привілеї та пільги через голову гетьмана. Від деяких податків і зобов’язань був звільнений Київ, аналогічні грамоти з Москви одержали Переяслав і Ніжин. Це було пряме втручання в українські справи і не відповідало Березневим статтям. Справжній ан-тигетьманський і антистаршинський осередок формується на Запорожжі. Низове козацтво було дуже незадоволене збагаченням купки вищих чинів і було готове виступити проти них із зброєю в руках.
Дійшло до відкритого конфлікту з Москвою в Білорусії. Вище була описана ситуація, коли звільнені білоруські землі полковник Золотаренко намагався покозачити і привести до присяги гетьману. Тепер там стояли війська іншого козацького полковника – І. Нечая. Мету свою він бачив так само в інтеграції цих територій до України. Але росіяни вважали білоруські землі своїм трофеєм. Московське військо, що вже не воювало проти поляків, повернулося проти козаків і почало насильно виганяти їх загони з білоруських повітів.
Обранням Івана Виговського гетьманом замість Юрія Хмельницького Москва була дуже незадоволена. По-перше, там, судячи з всього, хотіли бачити з булавою людину менш впливову і сильну, а по-друге – вважали неприпустимим проведення таких виборів без присутності своїх представників. Тому в вересні московський уряд звертається до Виговського не як до гетьмана, а як до генерального писаря, ставлячи під сумнів його легітимність. В тому ж місяці на Лівобережжі з’являється військо воєводи Г. Ромо-дановського, що стає в Переяславі та Пирятині. Мету свого прибуття московіти не оголошували, але доходи з оренд, що раніше йшли з цих місць в розпорядження старшини, тепер йшли на утримання російських військ.
Одночасно почалася і агітаційна кампанія на користь Москви. Перебувавший в Україні стольник Кікін мав спеціальне завдання від свого уряду – пускати плітки про те, що покійний гетьман затримував платню козакам, що до нього начебто надходила від царя; проводити бесіди з місцевим населенням про те, що «обид і збитків» з боку козацьких полковників можна запобігти, якщо до українських міст увійдуть московські залоги.
Посилився й наступ на вольності українських мешканців з боку московських воєвод, що згідно союзницьким домовленостям перебували у великих містах. Можливо це взагалі потрібно вважати головним чинником погіршення стосунків між Москвою та Чигирином. Втручання у внутрішні справи, про яке йшлося вище, тут набувало конкретних рис. Складається враження, що багато хто з воєвод відчував себе не як начальник залоги, а як повновладний господар міста і всієї околиці. Їх накази, їх суд і їх покарання, що все частіше застосовувалися до місцевого населення, викликали все далі більше роздратування.
Добре усвідомлюючи можливі наслідки для української державності, що несла з собою політика Москви, гетьман Іван Виговський вже восени 1657 року шукав собі інших могутніх союзників. Хід подій знов підштовхував володаря булави до переговорів з татарами. Росія для Кримського ханства завжди залишалася принциповим супротивником, і ще за життя Богдана Хмельницького татари докладали чимало зусиль для його розриву з Москвою. Проблемою для нового гетьмана залишалося те, що далеко не всі його співвітчизники були готові до дружби з бусурманами. В першу чергу це стосується запорожців. Перші посли, що поїхали від Виговського до Бахчисарая, були схоплені січовиками та втоплені у Дніпрі. Того ж року запорожці здійснили походи на Крим та Очаків. Взагалі, можна казати, що з осені 1657 року Січ фактично виходить з підпорядкування гетьману. Вже його обрання тут було прийнято з незадоволенням. На козацькій раді лунало, що гетьмана потрібно обирати на Запоріжжі. Після пояснювального листа Виговського керівники Січі видали йому найбільш голосливих супротивників гетьмана, але перехоплені листи Чигирина до Бахчисарая знов змінили ситуацію не на користь Виговського. Новим кошовим отаманом був обраний Яків Барабаш – принциповий супротивник чигиринського уряду. Запоріжжя ніяк не могло примиритися з карколомним збагаченням деяких представників козацтва, січовики не розраховували на платню від будь-якого монарха, а заборона вдаватися до походів в Крим позбавляла їх своєрідне воєнно-політичне утворення економіко-ідео-логічної основи існування. В цих умовах Запорозька Січ не поділяла інтересів Гетьманщини і зіграла на новому етапі руйнівну роль в історії держави, виступив, за словами історика Ю. Мицика, «проти своєї дитини» – Української держави. Ставку низові козаки зробили на Московію, чиї монархи свого часу і знищать Січ.