1708 р. стародубський полковник Іван Скоропадський знову отримує знак особливої довіри гетьмана до нього. Його прізвище стоїть першим у списку старшин, котрих гетьман Іван Мазепа посилає до царя Петра І у лютому 1708 p., щоб розібратися в дуже делікатній справі – справі доносу на володаря гетьманської булави про його «зраду».
Справа полягала у тому, що полтавський житель, «человек худородный, з жида перехрест», Петро Яценко, підмовлений опозиційно налаштованими старшинами, подав у Москві на Мазепу «зарукою своею, все лжи превосходящую, скажу», начебто гетьман став цареві «неверен». А незадовго перед тим подібний «донос» зробив ще й якийсь чернець. У зв'язку з цим І. Скоропадському «со товарищи» доручалося переконати Петра І у необхідності передати «кривдників» для «слідства» в Київ. Старий гетьман дуже не хотів, «дабы по смерти» про нього «осталася в устах людских мерзкая, проклятого зменническаго имени… память». Місія старшин на чолі з Іваном Скоропадським завершилася вдало, й «непорочність» гетьмана не постраждала. «Клеветникам» же присудили «достойную казнь».
Довірена особа гетьмана І. Мазепи
1708 року ім'я стародубського полковника фігурує ще в одній досить делікатній справі, яка справить неабиякий вплив на його подальшу долю. Це конфлікт між гетьманом Іваном Мазепою та його кумом і генеральним суддею Василем Кочубеєм і колишнім полтавським полковником Іваном Іскрою. Конфлікт, який мав романтичний підтекст.
З Кочубеєм та його родиною – і то, мабуть, з давніх часів у гетьмана були близькі і дружні зв'язки. Так, О. Оглоблин навіть припустив можливість любовного роману між І. Мазепою та Любов'ю Федорівною Кочубей (дружиною генерального судді). Питання про взаємини Мазепи й судихи Любові Кочубей залишаються ще не цілком з'ясованими. Якщо ж погодитись з аргументацією Ф. Уманця, що генеральний суддя писав донос під диктовку своєї дружини, та додати припущення О. Оглоблина про можливий роман між кумою і гетьманом, то французьке прислів'я «шукайте жінку» не раз в історії знаходить своє підтвердження. Кочубеїха була досить доброю та глибоко віруючою жінкою. Сучасники відзначали її величезний вплив на чоловіка. Але якщо було задіто її гідність, то про неї говорили, що вона не зупиниться і перед кулею. А тут… Але це тільки наше припущення, що ревнощі є рушієм вчинків, які змінюють хід історії…
Романтичне кохання Мазепи з донькою Любові Федорівни Мотрею в 1704 р. утворило прірву між Кочубеями й Мазепою, особливо ж між кумою та кумом, проте й надалі – і не лише про людське око – не переривалися добрі стосунки між ними, гучні бенкети, інтимні бесіди, щирі розмови. Але в оточенні В. Кочубея зростала ворожнеча й ненависть до гетьмана Мазепи, нагромаджувалися всілякі матеріали, чутки, плітки, переказувалися необачні слова Івана Степановича, який міг іноді не критися перед генеральним суддею, хоч і не підпускав уже його до таємних своїх акцій.
У 1704 р. гетьмановій обраниці, дочці генерального судді Василя Кочубея, Мотрі, виповнилося років 18—22. Вікова різниця між ними була вражаючою. Однак ті, хто звинувачує Мазепу в блуді, не враховують одну істотну деталь: гетьман домагався руки дівчини, яка відповідала йому взаємністю. Слід відзначити, що за характеристиками сучасників гетьман виглядав дуже молодо. І тому зрозуміти молоду Кочубеївну неважко: Іван Степанович був для неї уособленням мудрості, шанованою всіма людиною. Ось як описує гетьмана французький посол Жан де Балюз, який зустрічався з ним у 1704 р. в Батурині: «Вигляд у нього суворий, очі блискучі, руки тонкі й білі, як у жінки, хоч тіло його міцніше, ніж тіло німецького рейтара, вершник з нього знаменитий». Учасник шведського походу в Україну Густав Адлерфельд побачив гетьмана «у віці 64-х літ, середнього зросту» (у 1708 р. йому насправді було 69 років), він «дуже стрункий, із суворим поглядом, носить вуса на польську моду, приємної вдачі й дуже захоплює своїми жестами». Інший сучасник-анонім говорив, що «наші очі полонили гетьманові білі руки, тонкі, повні грації, та його горда голова з білими буклями, довгі обвислі вуса, а понад усім цим величність, почуття гідності й суворість, яку злагіднювала елеганція». Навіть у такому віці, як зізналася пані Сенявська французькому послу у Варшаві Францісу Бонаку, старий Мазепа «приваблює легко до себе своїм чаром жінок».
Висока ерудиція, знання мов, вільне цитування мовою оригіналу античних авторів, власних віршів, вишукані аристократичні манери поведінки (здобуті ще при дворі польського короля) не могли не викликати симпатії, а то й захоплення юної дівчини 65-літнім гетьманом. Батьки дівчини, дізнавшись про намір Мазепи одружитися з їхньою дочкою, категорично відмовили йому. Довідавшись про це, Мотря втекла у гетьманський палац. Мазепа, однак, змушений був відіслати її додому.
Попри таку шляхетність закоханого, Кочубеї все ж наробили у гетьманській столиці «ґвалту». Любов Федорівна, Мотрина мати, звинуватила гетьмана в тому, що він «знасиловал блудом» її дочку. Дівчина від того була у розпачі. З доносу Василя Кочубея на Мазепу видно, що почуття гетьмана до його дочки він трактував як «чародіяние», від якого вона «возбіситися и бігати, на отца и матерь плевати». До свого доносу Кочубей додав гетьманові листи до Мотрі, а також власне звинувачення, буцімто Мазепа обіцяв дочці 10 тисяч червоних золотих, тільки б вона вийшла за нього.
Є різні версії подальшої долі обраниці гетьмана. Перекази про її самітництво на полтавському хуторі Іскри, самогубство (втопилась у батуринському ставку), божевілля, перебування черницею у Пушкарівському монастирі поблизу Полтави – здебільшого літературного, народно-міфологічного походження.
Насправді її було видано заміж – за гетьманського дворянина Василя Чуйкевича (вважає П. Кропива), а Б. Лепкий – що за Івана Чуйкевича, який був спершу військовим канцеляристом, потім господарем Гадяцького замку, реєнтом Генеральної військової канцелярії (1702), а згодом і генеральним суддею. Дійсно генеральний суддя у 1707 р. оженив свого сина Семена Чуйкевича на одній із дочок Кочубеїв. У «Родоводі дворян Чуйкевичів» зазначається, що це була Мотря, хрещениця Мазепи.
Іван Мазепа неохоче згоджується на весілля Мотрі з Семеном Чуйкевичем, навіть радить генеральному судді зачекати: «Як будем з Ляхами в едности, тогда знайдется твоей дочкі жених… шляхтич, который твоей фортуні доброю будет подпорою». 18 травня 1707 р., на другий день після цієї розмови, Кочубей і Чуйкевичі спішно повінчали дітей.
У 1708 p., як пізніше згадував в одному з документів Семен Чуйкевич, «я, будучи оного Кочубея зятем, за вірность монаршую, в той же справі тяжкую неволю, кайданы и много страдания терпілем от Мазепи, перве в гор. Батурині, потом – в Білой Церкві, куда также в кайданах и з великою нуждою припроважений билем».
Семен Чуйкевич управляв з 1728 р. разом із Степаном Тарновським генеральною канцелярією, був призначений у числі «искусных и знатных персон» для перекладу «правных книг». Отже, це була людина високоосвічена, авторитетна. У 1730 p., згідно з вибором старшин Ніжинського полку, він стає полковим суддею.
Згодом один із нащадків Кочубеїв у виданих наприкінці XIX ст. записках зазначав, що Мотря «зовсім не збожеволіла від кохання до старого Мазепи, а навпаки – вийшла заміж за полковника Чуйкевича». Хоча тут і сплутано посади полковника й полкового судді, все ж вірно передано її подальший вибір. Чи щасливим було сімейне життя Чуйкевичів, не знаємо. Очевидно, ні. З 1733-го по 1736 рік ігуменею Ніжинського жіночого монастиря була Меланія (на думку С. Павленка, це змінене чернече ім'я Мотрі) Чуйкевичівна, яка після тяжкої хвороби померла 20 січня 1736 р. Дуже вірогідно, що це була Мотря.