Неожиданно слухи об этом деле дошли до императора. Вспомнив любимого воспитанника инженерного училища, он приказал митрополиту Московскому вызвать игумена Игнатия не в Москву, а в Петербург. Святитель Филарет, исполняя волю императора, официальным письмом от 15 ноября 1833 года на имя вологодского Владыки Стефана просил его как можно скорее отправить игумена Игнатия прямо в Петербург, а частным письмом своим к игумену Игнатию требовал, чтобы он, нисколько немедля, прибыл к нему в Петербург на Троицкое подворье. «Это распоряжение должно быть исполнено безотлагательно, – писал Московский владыка, – потому что это воля не моя».
27 ноября игумен Игнатий сдал Лопотов монастырь своему казначею, а 30 ноября выехал в Петербург. Приехав в столицу, игумен Игнатий немедля отправился к митрополиту Филарету, который приютил его на своем Троицком подворье.
Через несколько дней состоялась его встреча с императором Николаем I. Вот как сам святитель Игнатий описывал ее: «12 числа сего месяца, вечером в шесть часов представлялся я государю императору наедине в его кабинете. Трогательно было и интересно сие представление. Государь обнял меня, я его; он повторял: «Друг мой! Друг мой!» – я кричал: «Отец мой! Отец мой!» Изволил подробно расспрашивать о обстоятельствах моей жизни в монашестве… Наконец, объявил мне свою волю, чтобы я оставался близ Петербурга в Сергиевой пустыни. При этом государь сказал: «Ты мне нравишься, как и прежде! Ты у меня в долгу за воспитание, которое я тебе дал, и за мою любовь к тебе. Ты не хотел служить мне там, где я предполагал тебя поставить, избрал по своему произволу путь, – на нем ты и уплати мне долг твой. Я тебе даю Сергиеву пустынь, хочу, чтоб ты жил в ней и сделал бы из нее монастырь, который в глазах столицы был бы образцом монастырей»». Затем император повел игумена на половину к императрице Александре Федоровне. Войдя к ней, спросил ее: «Узнает ли она этого монаха?» На отрицательный ответ он назвал игумена по фамилии. Она очень милостиво отнеслась к своему бывшему пансионеру и просила благословить всех ее детей.
Вскоре – 1 января 1834 года, в Казанском соборе, игумена Игнатия возвели в сан архимандрита – ему было неполных 27 лет. А 5 января архимандрит Игнатий выехал в свою обитель в сопровождении Чихачева и только что принятого в келейники юноши Иоанна Малышева, который впоследствии, через двадцать три года, сделался преемником своего старца.
Начало настоятельства в Сергиевой пустыни
Желание о. Игнатия переселиться из Лопотова монастыря имело в основании чисто физическую причину. Его болезненному организму нужен был климат если не южный, то, по крайней мере, сухой, а не болотистый. Местность Сергиевой пустыни в климатическом отношении был даже хуже, чем Лопотов монастырь. Береговая сторона Финского залива, волны которого разливаются в виду самой обители, никак не могла служить к восстановлению физических сил.
К столетию своего существования Сергиева пустынь была совершенно запущенной, как в духовном, так и в материальном отношении. Вот как сам святитель Игнатий писал о вверенной ему обители: «Непостижимыми судьбами Промысла я помещен в ту обитель, соседнюю северной столице, которую, когда жил в столице, не хотел даже видеть, считая ее по всему несоответствующею моим целям духовным».
К моменту назначения архимандрита Игнатия настоятелем Сергиевой пустыни здания монастырские, начиная с церкви преподобного Сергия, были давно запущены. Из-за разрухи келейных корпусов вся братия помещалась в инвалидном доме, устроенном при монастыре на иждивение графов Зубовых и состоящем на их содержании. В Троице-Сергиевой пустыни не было никакого монастырского хозяйства и даже земля, на которой был расположен монастырь, не имела ни одного межевого столба. Не лучше обстояло дело и с вверенной архимандриту монастырской братией – все братство обители состояло из тринадцати человек: восьми монашествующих, трех послушников и двух подначальных. И несмотря на такое незначительное число братии, в среде их не было порядка.
Молодому настоятелю предстояло сделать многое. Нужно было возродить духовную жизнь, упорядочить материальную сторону обители и восстановить внешний и внутренний порядок. Как и в Лопотовом монастыре, архимандрит Игнатий начал возрождение обители с упорядочения богослужения. Он сам старался подавать братии пример чинного и уставного совершения служб. При содействии Михаила Чихачева в Троице-Сергиевой пустыни был устроен монастырский хор. К устроению богослужебного пения святитель Игнатий привлек также лучших композиторов своего времени: о. Петра Турчанинова, М.М. Глинку, А.Ф. Львова.
Поскольку для торжественного совершения богослужений необходим благоустроенный храм, то о. Игнатию практически сразу после вступление в должность настоятеля пришлось озаботиться ремонтом храма в честь преподобного Сергия, в котором оказались годными только одни стены. После ремонта храма также были отремонтированы келейные корпуса.
Вместе с необходимыми постройками и учреждением порядков внутри обители настоятель архимандрит Игнатий должен был обратить свою деятельность и на другие отрасли ее благоустройства, именно, на поземельную собственность и сельское хозяйство. Как оказалось, всею землей, которая была приобретена еще основателем пустыни, пользовались незаконно крестьяне деревни Подмонастырской слободы, монастырь же имел лишь 25,5 десятин, занимаемых огородом и покосом, и хлопоты монастыря о восстановлении его прав на эту землю, несмотря на неоспоримость его документов, остались безуспешными.