Он одним из первых использовал методы программирования, в частности для создания музыкальных машин. Аналогичные методы программирования в настоящее время широко применяются при создании программного обеспечения для компьютерной техники.
Необычный «суперкомпьютер» под названием Organum Mathematicum (или «математический орган»), который А. Кирхер описывал как «машину, соединяющую все противоположности», позволял выполнять сравнительно несложные арифметические, геометрические и астрономические вычисления. Это «руководство по работе с органом» составляло книгу объемом около 850 страниц.
Его Единая наука достигла своего апогея в «Искусстве сочетания», где он предпринял самую масштабную попытку охватить мироустройство с помощью Каббалистических методик познания Вселенной.
Ниже приводится рисунок, на котором изображено усовершенствованное Анатасиусом Кирхером Каббалистическое Древо Сефирот или Древо Жизни.
Древо Сефирот или Древо Жизни из книги А. Кирхера «Эдип Египетский» (1652—1655)
Древо Сефирот состоит из десяти шаров лучистого великолепия, построенных в три вертикальные колоны и связанных между собой двадцатью двумя каналами или путями. Справа расположена колонна Милисердие, слева – колонна Жестокость, а между ними находится колонна Умеренность, объединяющая их вместе.
Одновременно эти колоны представляют Силу, Мудрость и Красоту, которые образуют тройственную поддержку Вселенной.
Расположенные на них 10 шаров именуются Сефироты. Они объединяются между собой 22 каналами или путями, каждый из которых соответствует определённой Карте Таро Старшего Аркана.
Именно Атанасиусом Кирхером разработано современное Древо Сефирот или Древо Жизни, каким мы его уже привыкли видеть. Следует отметить, что в более ранние периоды существовало множество других модификаций, отображающих Каббалистическое Древо Жизни, из чего мы можем сделать вывод, что Учение Каббала не является застывшим омертвлённым учением, а находится в своём постоянном динамическом развитии.
Более ранние модифицированные отображения Каббалистического Древа Сефирот или Древа Жизни, существовавшие до 17 века
Папюс в своей книге «Оккультизм» (М.: Локид-Пресс, 2003) пишет о том, что Каббала является наукой о Душе и Боге во всех их сочетаниях и взаимодействиях. Она нас учит, что все заключается в Одном и Одно во всем, позволяя, благодаря аналогии, восходить от образа к принципу, или от принципа опускаться к форме.