Вынужденные из-за военных действий джунгарских вооруженных отрядов перенести место переговоров дальше на восток российской границы в острог Нерчинска на реке Шилке, Ф.А. Головин, возглавлявший русскую делегацию, и китаец Сонготу, которому в качестве переводчиков латыни служили иезуиты испанец Томас Перейра и француз Жан Франсуа Жербильон, 12 августа 1689 года приступили к порученному им делу. Две недели спустя договор удалось согласовать. Считается, что Ф.А. Головин заключил откровенно невыгодный договор по той причине, что 10 тысяч маньчжурских ратников в подавляющем большинстве превосходили его казацкое войско. Однако нет фактов, подтверждающих, будто подписанное им соглашение противоречило главным целям властителей России. Ф.А. Головин строго в соответствии с новыми инструкциями уступил все российские права на долину Амура, зато отстоял наиболее актуальную для Москвы прямую торговлю в Пекине на основе официального соглашения. Русские предпочли вещественные и конкретные преимущества пекинской торговли неопределенным выгодам ловушки в Амурском бассейне и судоходства по этой реке к не изведанному для них морю.
Нерчинский договор считается первым межгосударственным документом, заключенным властями Срединного царства в истории нового времени, и он состоял из шести очень коротких пунктов. Граница между Россией и Китаем обозначалась по рекам Аргунь и Горбица (левый приток Шилки), а также вдоль водораздела бассейнов рек Лена и Амур до реки Уда и моря. Тем самым, следует признать, русские потеряли станицу Албазин. Всем дезертирам или пленникам с обеих сторон предписывалось оставаться там, где они находились на момент заключения договора, но впредь беглецов следовало возвращать их властям. Русским купцам разрешалось продолжать торговлю, с доступом в Пекин тем из них, кому русское правительство выдавало разрешение на такую деятельность; согласно тому же договору китайцам разрешалось посещать территории России в соответствии с теми же самыми условиями.
Положения данного договора, посвященные торговле и купцам, выглядят туманными и неоднозначными, но главное дело состояло в том, что ими открывались внутренние области Китая для регулярных российских торговых обозов. Бюрократическая машина московитов сработала оперативно, и русским дипломатам удалось установить государственный контроль над потенциально выгодным торговым маршрутом. Спустя без малого четыре года после подписания Нерчинского договора высочайшим указом от 30 августа 1693 года утверждались общие и частные инструкции для сибирской таможни и колониальных властей, главные принципы которых оставались в силе без изменений до середины XVIII века. Изначально московиты не пытались на государственном уровне полностью монополизировать свою торговлю с китайцами, то есть закрепить за государством исключительное право на отправку обозов. Все сводилось скорее к пристальному контролю над деятельностью купцов-единоличников и посредников, проявлявших интерес к посещению Пекина и других китайских городов с деловыми целями. Так как в соответствии с положениями Нерчинского договора предусматривалось получение официальных паспортов для всех купцов, намеревающихся посетить китайские территории, указом от 1693 года все сибирские должностные лица уведомлялись о том, что кому бы то ни было запрещалось отправляться в Китай без царского указа и «патента» (грамоты), выдаваемых в официальном департаменте или Сибирском приказе, которому с 1637 года делегировались общие полномочия по управлению делами в Сибирском крае и его приграничных землях. Наличие данных документов проверялось таможенниками в городе Верхотурье на Урале, назначенном официальным пунктом пропуска в Сибирь, а потом еще в Нерчинске, через который осуществлялся выезд на территорию Маньчжурии и самого Китая, а также на всех дорожных станциях, открытых на данном пути. К паспорту купца прилагался полный список и описание всех перевозимых товаров. По ним назначалась и взималась сумма государственных таможенных пошлин. В Верхотурье и Нерчинске взималась обычная сибирская подать в размере 10 процентов (десятины) натурой и выдавалась квитанция, скрепленная государственной печатью. Данную квитанцию проверяли и сверяли с товарами в каждом крупном городе в Сибири; все перевозимые товары, не перечисленные в справке об оплате пошлины, подлежали изъятию в пользу государства. В том случае, когда купца повторно уличали в попытке обмана таможенных служащих, его родственников и домочадцев подвергали допросу с пристрастием с целью выявления предыдущих попыток мошенничества провинившегося купца. Государственным чиновникам и их близким родственникам вне зависимости от звания или должности категорически запрещалось заниматься торговлей с Китаем. Единственное исключение касалось солдат и служилого люда, сопровождавшего обозы в Пекин или работников таможенной станции на границе. Последним из-за их нищенского денежного содержания предоставляли возможность для вложения капитала в частные обозы максимальным размером до 50 рублей.
Царь Петр Алексеевич, к тому времени еще не удостоившийся титула Великий, в 1698 году издал указ, которым несколько ослабил строгие положения инструкций и правил указа от 1693 года. Купцам-единоличникам больше не вменялось в обязанность предоставлять для проверки свои товары в каждом городе и на каждой базарной площади. Достаточно было предъявить его только лишь в начальном и конечном пункте – в Верхотурье и Нерчинске, а работники таможни этих городов отправляли друг другу копию инвентарной описи товаров купца, которые служили просто подтверждением ее достоверности. По-прежнему начислялась таможенная десятина, но только единожды; взималась натурой одна двадцатая веса всех товаров, приобретенных в Сибири, и товаров, вывозимых в Китай. Повторной оплаты не требовалось. С ввозимых из Китая товаров оплачивалась двадцатая часть в Нерчинске, и, даже если их сбывали в Сибири, с купца больше ничего не причиталось. Зато еще одну двадцатую часть сбора платил покупатель.
Что же касается самих обозов, то декретом от 1698 года утверждалось условие, при котором их следовало отправлять не чаще одного раза в два года. За четыре года до издания данного декрета обозы, насколько нам известно, были ежегодными, и возникла угроза насыщения китайских рынков русскими товарами. На протяжении тех первых лет многие товары, отправляемые в Китай обозами, принадлежали частным лицам, и их сопровождали купцы, владевшие ими, ради предохранения своих капиталовложений, невзирая на то что принадлежавшие государству грузы (сибирские меха и кожи) могли составлять половину общего объема груза. Для управления и распоряжения таким обозом из числа купцов Сибири покрупнее выбирали мужчин, которые, как правило, уже находились на государевой службе. Купцы помельче служили в качестве присяжных оценщиков или целовальников (буквально «тех, кто целовал крест», то есть дал клятву), задачей которых ставилась оценка государственного добра и тщательное ведение счетов. Иностранцев от участия в этой китайской торговле отстранили, кроме тех из них, кто получил специальное разрешение Сибирского приказа. Русские купцы с запада от Урала могли бы принять участие в торговле без паспорта, но тогда им следовало внести номинальный сбор в размере 1 рубля с человека и после проживания на территории Сибири в течение одного года. Подделка декларации на товары или исправление данных в квитанции об оплате таможенных пошлин вели к утрате торговых привилегий на китайском рынке.