При этом необходимо учитывать, что положения НК РФ не ограничивают само право налогоплательщиков проводить свои хозяйственные операции так, чтобы налоговые последствия были минимальными, однако в избранном налогоплательщиком варианте сделки (операции) не должно присутствовать признака искусственности, лишенной хозяйственного смысла. Кроме того, налоговый орган не вправе настаивать на том, что налогоплательщик должен был выбрать тот или иной вариант построения хозяйственных операций.
Налоговые органы должны опровергать реальность спорной сделки (операции) посредством доказывания фактов исполнения обязательств по сделке (операции) иным лицом, чем лицо, являющееся стороной договора, заключенного с налогоплательщиком, и (или) которому обязательство по исполнению сделки (операции) передано по договору или закону, и (или) доказывания фактов, свидетельствующих о том, что исполнение, предусмотренное спорной сделкой (операцией), выполнено проверяемым налогоплательщиком самостоятельно. В этих случаях налоговые органы должны эффективно использовать такие механизмы, как: получение пояснений от лиц, обладающих информацией об обстоятельствах заключения, совершения, исполнения сделки (операции); проведение осмотров территорий, помещений, документов, предметов с применением технических средств; сопоставление объема поставляемых товаров размеру складских помещений (территорий); инвентаризация имущества; анализ и воссоздание полного баланса предприятия (товарного баланса, складского учета и т.п.); истребование документов (информации), а в необходимых случаях проведение выемки документов (предметов), проведение экспертиз и другие. Для целей установления фактов выполнения налогоплательщиком работ, услуг собственными силами основным доказательством может являться информация, прямо или косвенно подтверждающая данный факт, полученная посредством опросов должностных лиц проверяемого налогоплательщика, занятых на производстве; истребования документов (информации) у заказчиков и допросов их должностных лиц, лиц, осуществляющих технический надзор; выявления иных, непроблемных, контрагентов, оказывающих налогоплательщику аналогичные работы, услуги, с последующим проведением в отношении них контрольных мероприятий; исследования локальных актов об установлении пропускного режима охраняемых объектов, пропусков, журналов регистрации.
Налоговый орган не должен ставить перед собой задачу формально охватить полный перечень имеющихся механизмов для сбора информации, а должен четко понимать целесообразность проведения каждого мероприятия налогового контроля.
Об использовании формального документооборота в целях неправомерного учета расходов и заявления налоговых вычетов по спорной сделке (операции) могут свидетельствовать факты обналичивания денежных средств проверяемым налогоплательщиком или взаимозависимым (подконтрольным) лицом, а также факты использования таких средств на нужды налогоплательщика, учредителей налогоплательщика, его должностных лиц, использование одних IP-адресов, обнаружение печатей и документации контрагента на территории (в помещении) проверяемого налогоплательщика и другие. В рамках исследования финансовых потоков налоговым органам необходимо учитывать, что перечисление денежных средств при осуществлении сделок с проблемным контрагентом, как правило, совершается в целях полного или частичного их возврата налогоплательщику, взаимозависимому (подконтрольному) лицу в наличной, безналичной форме, в виде ценных бумаг или натуральной форме.