С этой частной заботой Дионисий соединял заботы и о целом Государственном здании отечества. Он вел обширную переписку, и грамоты его были исполнены болезнования о всем государстве Московском, о междоусобице, в которой восстали отец на сына и сын на отца и брат на брата; оплакивая измену православной вере, он выставлял клятвопреступную измену лучших людей польских и литовских, целовавших Животворящий Крест в том, чтобы на Московском царстве быть королевичу Владиславу в православной нашей истинной вере и им до одного человека уйти с королем от Смоленска в Литву – и во всем солгали. «Изменники выжгли, – писал он, – Московское государство, людей секли, храмы Божии разорили и поругали, святейшего патриарха, исповедника Гермогена, с безчестием низринув, заключили в тюремный затвор». Дионисий и келарь писали в Рязань, на север, в Ярославль и Нижний, писали в Пермь и другие города, умоляя о поспешнейшем сборе ратных людей на спасение веры и отечества. Между тем Ходкевич прибыл с новыми войсками на помощь полякам к Москве. Пожарский медлил в Ярославле, опасаясь смут и заговоров в русском стане под Москвой. Дионисий послал келаря Авраамия Палицына убедить Пожарского отвергнуть страх и положиться на Бога, и наконец, 11 августа 1612 года, близ Лавры, на горе Волкуше, Дионисий благословлял воинство, шедшее на брань в то время, когда бурный противный ветер смущал сердца воинов. Дионисий молился Господу, призывая к молитве и воинство. Господь обрадовал их чудным внезапным изменением ветра, который подул в тыл войску, как напутственное веяние благословения воинам от дома Живоначальной Троицы и святых мощей угодников Божиих. Келарь Лавры Авраамий был отпущен с Пожарским под Москву и с тех пор находился безотлучно при войсках, водворяя мир и тишину посреди враждовавших Пожарского с Трубецким. В сражении на Девичьем поле, по его увещанию, удалившиеся в свои окопы казаки бросились через Москву-реку в помощь войску русскому, бившемуся с поляками – разбили и прогнали врагов. Кремль и Китай-город оставались еще в руках врагов.
В казаках возникли новые неудовольствия: жаловались на нищету свою, укоряя вождей в богатстве, ими набранном, и грозили умертвить их и бежать. Архимандрит и келарь, не колеблясь, собирают последние сокровища Лавры – ризы и стихари, саженные жемчугом, и посылают их казакам, умоляя не покидать отечества. Казаки умилились, возвратили обители ее пожертвования и поклялись понести все трудности и лишения. Китай-город был взят приступом, а Кремль сдался. Дионисий в числе всего освященного Собора принял участие в благодарственном пении, совершенном на лобном месте.
По освобождении отечества, восшедший на престол царь Михаил Феодорович, по просьбе Дионисия, подтвердил права Лавры, повелев возвратить на свои места разбежавшихся земледельцев – и деятельностью Дионисия начали изглаживаться мало-помалу следы разорения в обители.
Одновременно с этими трудами сильному духом благодатным Дионисию Судьбами Божиими суждено было вступить в новый подвиг – подвиг исповедничества святой веры. В 1616 году царь поручил ему со старцем Арсением и священником Иоанном пересмотреть требник, напечатанный в 1602 году, и проверить его с греческими подлинниками и древними славянскими списками. Ошибок оказалось множество, и иные крайне грубые. Положили ошибки исправить – их насчитывалось более сорока. Представили Крутицкому митрополиту Ионе, который, с бывшим при нем собором, обвинил Дионисия в ереси и осудил на заточение в дальний монастырь, но так как враги не были еще изгнаны окончательно из отечества и проезда не было, то и возвращен был Дионисий с пути обратно в Москву, где был заперт в Новоспасский монастырь. Велено было его бить и мучить сорок дней в дыму на полатях и сверх служб церковных заставлять класть ежедневно по тысяче поклонов. Мужественный воин Христов к этой наказательной епитимии приложил еще ежедневных тысячу поклонов, добровольно приносимых. Наложили пеню в 500 рублей, которой – не заплатил, потому что ничего не имел; подвергался многообразным оскорблениям, в оковах железных водимый к допросу на Патриарший двор или возимый на худой лошади, при чем чернь бросала в него грязью и каменьями, как в еретика, уличенного в ереси. «Милость Божия явилась надо мной великая, – говорил он тем, которые выражали ему свое сострадание, – ибо господин мой и отец, преподобный Иона митрополит, свыше всех человеков сотворил мне добро; по делам моим он меня смиряет: это искушение к просвещению души моей. Все беды и напасти в веке сем не суть беды, а милость Божия, но вот беда – быть вечно мучиму в геенне огненной». Целый год нес Дионисий этот крест свой – пока правда превозмогла.
Наступило патриаршество Филарета Никитича, родителя царского. С востока прибыл в Москву Иерусалимский патриарх Феофан и предложил соборно рассмотреть дело Дионисия. Призванный к ответам Дионисий, в присутствии обвинителей своих, был спрошен и, по ясным и правильным ответам своим, признан не только невинным, но и правым и с честью возвращен в обитель свою. Патриарх Феофан посетил Лавру. Встретил его Дионисий вне монастыря с крестным ходом, со святыми иконами, с зажженными в руках свечами и кадилами дымящегося фимиама. Все окрестное народонаселение сопутствовало шествию. Патриарх прослезился, после вечерни по просьбе Дионисия благословил трапезу, потом присутствовал при всенощном бдении, наутро перед литургией окроплял святой водой святые иконы и прикладывался как к ним, так и к святым нетленным мощам угодника Божия и чудотворца Сергия, которого святой лик, по приказанию патриарха, архимандрит открывал святейшему, вслух всех произнесшему похвалу преподобному Сергию и молитвенное благодарение Господу, дарующему верующим упование спасения молитвами Пречистой Своей Матери и всех святых. Слова патриарха переводил толмач.
За литургией, которую совершал сам патриарх, последовала трапеза. Святейший Феофан ничего не вкушал, проливая обильные слезы. Дионисий с братией скорбели; поняв их недоумение, святейший поспешил успокоить их, объяснив, что слух о скорбях, постигших святую Лавру и архимандрита Дионисия от врагов, гонителей их за Христа, за правую веру, достиг и до всех церквей восточных. Все эти бедствия были известны и ему. Ныне же видев, что страдания эти послужили многим во спасение, он, как был общником скорби их, так ныне сделался начальником их радости. Плакал с плачущими и радуется с радующимися.
Затем патриарх пожелал видеть тех иноков, которые принимали участие в сечах и боях с врагами отечества. Ему было представлено более 20 человек; между ними первенствовал Афанасий Ощерин, старец, украшенный пожелтевшими сединами. С ним вступил патриарх в беседу и на вопрос святейшего, какому подвигу старец дает преимущество – уединенной ли молитве или подвигу перед всеми людьми? – Афанасий отвечал: «Всякая вещь и дело, Владыко святый, в свое время познаются… что я творил и творю – все только ради послушания», – и, обнажив седую голову свою, продолжал: «Вот подпись латинян на челе моем, еще же и в лядвиях моих шесть памятей свинцовых обретаются; а в келье, сидя на молитве, можно ли было из доброй воли найти таких будильников для воздыхания и стенания? Все же сие было не нашим произволом, но повелением пославших нас на службу Божию». Патриарх, встав от трапезы, поцеловал старца, благословил его и всю дружину иноков-воинов и отошел на отдых.