27 августа 1901 года под председательством ректора Московской духовной академии епископа Волоколамского Арсения состоялось заседание Совета академии, посвященное защите диссертации иеромонаха Фаддея «Единство книги пророка Исаии» на соискание степени магистра богословия. Официальными оппонентами выступили экстраординарные профессора академии по кафедре пастырского богословия и педагогики Александр Павлович Шостьин и по кафедре Священного Писания Ветхого Завета Василий Никанорович Мышцын.
Профессор Шостьин писал о работе иеромонаха Фаддея: «Печать серьезного и добросовестного изучения предмета лежит на всем труде отца Фаддея. Очень внимательно и всесторонне исследована самая книга Исаии, что особенно ценно; почти также тщательно изучена и обширная немецкая литература (не говорим о русской) по избранному вопросу. Язык отличается точностью и ясностью. Даже и в полемических частях он дышит тоном спокойствия и ученого беспристрастия». Совет академии единогласно признал эту работу заслуживающей присвоения ученой степени. 19 октября Святейший Синод утвердил иеромонаха Фаддея в степени магистра богословия.
Иеромонах Фаддей жил в то время, когда наука в глазах людей имела большой успех, за ней мыслилось едва ли не будущее всего человечества, на нее смотрели как на спасительницу и почти мессию. Он отлично понимал, что роль, которую приписывают люди науке, ей не соответствует и превращает ее в идола. Живя в Уфе, где в благоприятной духовной атмосфере с наибольшей полнотой стали раскрываться его способности, а сердце наполняться христианской любовью ко всем, иеромонах Фаддей в одной из проповедей сказал: «Посмотрите, говорят они, какие тайны природы открыла наука, какие победы над природой совершила, как усовершенствовала жизнь, и это ли не свидетельствует о могуществе человеческого разума? И зачем после этого стеснять его непонятными и невосприемлемыми для него церковными догматами? Посмотрите, как проникла наука в тайны жизни, и не настанет ли скоро время, когда она не только успешно будет бороться с разными неизлечимыми болезнями, но даже с самой смертью? Зачем же говорят, что не может наука дать счастья человечеству, и зачем заставляют человека отказывать в требованиях своей природы, обещая какое-то невероятное блаженство в будущей жизни?
Таковы глаголы современных людей. Мнимым блеском земной мудрости хотят они затмить свет Божественной истины, хранимой в основанной Господом Иисусом Христом Церкви. Но тщетны эти их усилия. Ибо какое постижение тайн природы может дать то, что составляет основу всякого земного счастья мир совести? Пусть наука исследовала не только то, что находится на земле, но и рассмотрела всё, что находится на высотах неба, пусть от нее не сокрылось то, что находится во внутренностях земли, но исследовала ли она все сокровенные движения души, из которых слагается жизнь ее? Пусть наука исследовала все тончайшие нити тела и рассмотрела всё, что находится внутри его, но открыла ли она в душе то, что составляет основу счастья или несчастий жизни? Пусть она почти проникла в самую тайну жизни, но какое уяснение тайны телесной жизни может предотвратить страх смерти? И какие успехи науки могут тогда водворить мир в душе человека, если он не нашел мира совести? Пусть люди науки считают этот мир благом мнимым и мечтательным, но многовековой опыт жизни человечества показал, что без него все поиски счастья напрасны.
Посему с более полным сердцем и душой ныне прибегаем к Церкви, в которой одной можем найти мир и которая одна есть на земле столп и утверждение истины! Возлюбим ее поклоны, которыми смиряется ум, ее посты, через которые получает дух власть и силу побеждать страсти, ее молитвы, которыми дух возносится к Богу и от земли восторгается к Небу, покаяние, которым омываются скверны души, причащение Святых Таин, которыми питается душа от самого Источника жизни. Ныне, в день торжества веры Церкви, воззрим на тех, которые были свидетельствованы в сей вере, которые, по слову апостола, побеждали царства, творили правду, получали обетования (Евр. 11: 33). Жизнь многих из них была исполнена лишений, скорбей и озлоблений, но они многих обогащали, исполняли утешением и радостью духовной. Многие из них жили в вертепах и пропастях земных, но были известны миру. Многих из них современники считали невежественными мечтателями, но на них с удивлением смотрел мир, и они заграждали уста львов, рыкавших на Церковь. Итак, возлюбим эту веру Церкви, которая одна может возвести на Небо, куда Предтечей за нас взошел Иисус и все жившие верой праведники!»
Служение в Уфе после минских скорбей стало для иеромонаха Фаддея большим утешением. «Мы не принадлежим к числу людей, собственными очами видевших Господа, сказал он в одной из проповедей. Но мы должны быть в числе тех, о которых сказал Господь: блаженны невидевшие и уверовавшие (Ин. 20: 29). Вера наша подтверждена многочисленными доказательствами. Ибо в Евангелиях мы имеем свидетельство непосредственных очевидцев Господа, которых не можем заподозрить в обмане. Мы видели, как сила Божия через Евангелие преобразовала и преобразовывает нравы народов, видели, какие многочисленные воздвигала она и воздвигает сонмы подвижников и мучеников за Христа. И однако, хотя вера наша имеет столь твердые основания, она иногда колеблется. Бывают в жизни нашей времена, когда нам начинает казаться, что слишком велика сила зла в жизни людей, что гораздо более увлекаются люди учениями, противными Евангелию, чем учением, содержимым в Церкви; что молитвы наши о людях остаются неуслышанными, ибо даже те люди, которых мы более любили и за которых полагали душу свою, оставляют нас и что гораздо более следуют люди не за проповедниками преследуемой и ненавидимой ими истины, а за теми, которые кажутся сильнее в глазах мира. В унынии духа мы начинаем тогда думать, что не может сила Евангелия изменить людей, и что пути к блаженству, указываемые в Евангелии, мечтательны, и что более надежны те, которые проверены будто бы постоянным опытом жизни людей. Тогда прежние доказательства веры начинают казаться нам недостаточными, подобно тому, как апостолы забыли о многочисленных чудесах Господа и исполнившихся на Нем пророчествах.
Но как в апостолах воскресли прежние их надежды, когда они увидели Господа, так и нам снова в путях жизни нашей явится Господь, дабы отогнать овладевшее нами мрачное уныние. Мы увидим, как велика сила добра, которое было поругано, как многих людей привлекает к нам любовь к людям и молитвы о них, как эта любовь соединяет с нами даже тех, которых мы не знали и с которыми видимого общения не имели. Тогда мы не только очами веры узрим Господа, управляющего путями нашей жизни, но и опытно познаем Его водительство и пребывание с нами. Тогда сердце наше исполнится радости и мы снова готовы будем воскликнуть Ему вместе с Фомою: Господь мой и Бог мой! (Ин. 20: 28)».
С сентября 1901 года по март 1902 года иеромонах Фаддей исполнял в семинарии должность надзирателя. Во время отъездов ректора, архимандрита Андроника (Никольского)9, он исполнял должность ректора семинарии.
5 марта 1902 года иеромонах Фаддей был возведен в сан архимандрита и 15 марта назначен на должность инспектора Уфимской духовной семинарии.
«Вступал я в новую должность без особенной охоты, писал он епископу Арсению, потому что хотя она и соединена с возвышением по службе, но трудности ее еще так памятны по Минску. Правда, в Минске не забыли о моем пребывании там, но всё же, как кажется, очень мало исполняются те желания, которые я с надеждой имел, пребывая там. Так и здесь: многие воспитанники весьма привязаны ко мне, но все-таки это не всегда-то располагает к свободному послушанию. Претыкания приходится встречать по временам от самых приятных и испытывать скорби от них».