Ещё одна обнаруженная археологами надпись о строительстве башни содержит имя сотника Чичикая, его имя принято отождествлять с греческим Тихик/Тзиста. Надпись датируют 1380/81 1397/98 годами.
В тоже время в Феодоро была самостоятельная династия, что видно из генуэзских источников, датированных 1382 годом. Там упоминается некий «Аффендизи» князь Феодоро, его братья, внуки и подданные. Считается, что наименование «Аффендизи» это не имя собственное, а своеобразный титул. Кроме самого Аффендизи и его семьи, упоминаются какие-то «деспоты вышеупомянутого места».
Наличие в Феодоро «Аффендизи» и «Хуитана турмарха» свидетельствует о наличие в городе двоевластия. Наряду с местной княжеской династией в городе, вероятно, присутствовали ханские наместники.
Вообще следует признать, что история Феодоро в XIV XV веках почти неизвестна. Княжество, благодаря итальянским источникам, как бы возникает неоткуда лишь в начале XV века, как уже развитое и могущественное государство. Правителем Феодоро является князь Алексей I. Его имя впервые упоминается в генуэзских документах в 1411 году. Он правил, очевидно, до 1447 года.
При Алексее I происходит экономический и культурный расцвет Феодоро. В городе возводятся новые оборонительные стены, строится княжеский дворец и многие общественные здания в византийском стиле. Алексей I чувствует себя настолько сильным, что активно проводит завоевательную политику, соперничая с генуэзскими колониями. Он захватывает генуэзскую крепость Чембало (Балаклаву). На пике своего могущества границы княжества простирались от Херсона до Алушты, включая крепости Каламита (Инкерман), Фуна, Чембало (Балаклаву).
Алексей I закрепляет свою власть выгодными династическими браками. Его положение настолько значимо, что с ним не прочь породниться правители Византии и Трапезунда.
Известно, что в 1435 году его сын Иоанна женился на Марии Палеолог, родственнице Византийских императоров, а дочь Мария в 1426/29 году вышла замуж за принца Давида Великого Комнина Трапезундского.
Князь Алексей I умер до мая 1447 года. К концу его правления наметился упадок княжества. Видимо, активная внешняя политика, соперничество с Генуей, подорвала экономику княжества. Феодориты были разгромлены генуэзцами, потеряв ряд подвластных земель.
Размывается и верховная власть в Феодоро. Княжество делится на несколько, очевидно, полусамостоятельных владений. В одном генуэзском документе, датированным 2 мая 1447 годом, говорит, что в Каламите и Фуне правил Олубей (Олобо) и другие сыновья Алексея I. Генуэзские источники называют имена братьев Олубея Кейхиби и Бердибек, очевидно, владевший замком Лусты.
Правителем Феодоро после смерти Алексея I, его условно можно назвать великим князем, стал Олубей, правивший до 1458/59 года.
В 1458 1459 годах власть принадлежала Алексею II, возможно сыну или внуку Алексея I.
В 1460 году князь Готии Кейхиби дал Крымскому хану Хаджи-Гирею согласие на казнь брата Бербибека. Предположительно, что в это время именно Кейхиби был старшим князем Феодоро.
С 1465 года князем Феодоро, в генуэзских источниках, упоминается Исаак. Генуэзцы его именовали Саикусом. Этот Мангупский правитель известен и русским летописям, как князь Исайка.
Он вёл переговоры с Московским великим князем Иваном III о заключении брака своей дочери с Московским наследником Иваном Молодым. Исаак умер около 1475 года. Его наследник, неизвестный по имени, был свергнут князем Александром, занявшим престол Феодоро с помощью Молдавского господаря Стефана III. Александр был свергнут в 1475 году турками, захватившими Феодоро и ликвидировавшими Мангупскую государственность.