Так как во время беременности иммунная система женщины ослаблена, она может быть подвержена различным инфекциям. При этом плод остается защищенным в большинстве случаев. Исключения составляют такие болезни как токсоплазмоз, гепатит, ВИЧ, сифилис, парвовирус.
Хотя иммунная система часто не принимает донорские органы, она максимально толерантно относится к клеткам плода, особенно, если отцовские клетки сильно отличаются от материнских. Кроме того, при последующих беременностях иммунная агрессия против зародыша подавляется быстрее, чем в первый раз.
Наличие аутоиммунных заболеваний не препятствует началу беременности, однако повышает наличие рисков, ведь из-за таких болезней может произойти нарушение работы ряда органов или необходимость принимать препараты, способные навредить плоду.
С точки зрения иммунитета первые пять лет в жизни ребенка самые важные. На первые несколько недель он защищен благодаря антителам, которые мать передает ему через плаценту. Дополнительную порцию антител можно добрать во время грудного вскармливания, но даже они не делают иммунную систему такой же сильной, как у взрослого человека: полноценная защита формируется с течением времени.