Отказ арабских вождей от сотрудничества с французской властью означал новое военное противостояние, для которого Мурад-бей накапливал силы в Верхнем Египте. Но это еще было полбеды. Вслед за этим Джеззар-паша, бывший наместником султана в Сирии, прислал в Каир документ об объявлении войны Франции. Поползли слухи о том, что в Египет движется "бесчисленная" армия, состоявшая из сирийских солдат и османов, к которой примкнул Ибрагим-бей. Она действительно могла представлять для Бонапарта серьезную угрозу, поскольку к тому времени его союзники в самом Египте к нему охладели. Их недовольство действиями французских властей обуславливалось не только политическими, но и экономическими причинами – ведь, потеряв связь с Францией, для того, чтобы управлять, строить, выплачивать жалованье воинам, служащим и ученым, Наполеон был вынужден значительно увеличить налоги. Для пополнения казны фуражиры повсеместно забирали у населения лошадей и продовольствие. Сборщики налогов из числа коптов получили привилегии и право носить оружие. "Великий Кебир" установил награду в 600 ливров для лиц, которые укажут дом или склад, где хранится "значительное количество" подлежащих конфискации товаров. В связи с этим местные жители все чаще стали выступать против французов: они угоняли и прятали скот, нападали на небольшие отряды фуражиров, убивали французских курьеров. Один из влиятельнейших египетских шейхов, Сада, был избран председателем "дивана мятежников", куда вошла сотня имамов и людей низших сословий. Они стали организовывать народные выступления по всей стране.
Вскоре стали вспыхивать крупные мятежи в Розетте, Александрии, Даманхуре, и наконец волна восстаний докатилась до Каира. Поводом для выступления там послужили фортификационные работы, в ходе которых были разрушены могилы мусульман, их дома и мечеть. А еще каирцы были напуганы постоянными угрозами городского коменданта – генерала Дюпюи, уроженца Гаскони, который не церемонился с местными жителями и хотел применить к ним телесные наказания. По словам Е. Тарле, все началось с того, что "несколько человек из оккупационной армии подверглось открытому нападению и было убито, и в течение трех дней восставшие оборонялись в нескольких кварталах". В этой обстановке Бонапарт прибегнул к жестким карательным мерам: обыскам, контрибуциям, казням и арестам заложников. Ему пришлось даже применять штыки и орудия. Сам Бонапарт ни минуты не сомневался в правильности своих решений: "Каждый день я приказываю отрубить пять-шесть голов на улицах Каира. До настоящего времени мы должны были щадить их, чтобы уничтожить страх, который нам предшествовал. В настоящее время, напротив, нужно взять тон, который необходим, чтобы этот народ повиновался. А повиноваться для них – значит бояться". По свидетельству Е. Тарле, "кроме массы перебитых арабов и феллахов при самом подавлении восстания уже после усмирения несколько дней подряд происходили казни; казнили от 12 до 30 человек в день".
Много крови было пролито и в близлежащих к столице селениях, на которые перекинулось восстание. Теперь Бонапарт каждый день считает число казненных уже десятками: "Ежедневно мы рубим по три десятка голов…
Это им послужит уроком". Он одобряет действия Бертье: "Вы хорошо сделали, что приказали отрубить головы всем взятым в плен с оружием в руках". А своему адъютанту Круазье приказывает отправиться в восставшее селение, "окружить все племя, перебить всех без исключения мужчин, а женщин и детей привести в Каир, самые же дома, где жило это племя, сжечь. Это было исполнено в точности. Много детей и женщин, которых гнали пешком, умерло по дороге, а спустя несколько часов после этой карательной экспедиции на главной площади Каира появились ослы, навьюченные мешками. Мешки были раскрыты, и по площади покатились головы казненных мужчин провинившегося племени" (Е. Тарле).
Восстание было подавлено довольно скоро, но успело унести со стороны французов жизни двадцати офицеров штаба и инженерных войск, нескольких членов Комиссии по наукам и искусствам. Погибли также комендант Дюпюи и любимый адъютант Бонапарта – молодой поляк Сулковский. Триста солдат были убиты либо ранены. После подавления восстания Бонапартом был распущен Большой Диван (Совет Нации), а члены "мятежного дивана" по его приказу расстреляны. Были приняты меры по дополнительному укреплению города: одну из больших мечетей превратили в форт, названный в честь храброго офицера и талантливого человека – академика Юзефа Сулковского, а вблизи сада института соорудили крепость.
Наполеон принял шейхов и сказал им: "Я знаю, что многие из вас проявили слабость, но я хочу верить, что ни один не является преступником; неблагодарность и мятеж – это то, что более всего осуждается пророком… Я не хочу, чтобы хоть один день в Каире не происходило обычного богослужения; мечеть Аль-Азхар была взята штурмом, в ней текла кровь, идите и очистите ее. Все священные книги были взяты моими солдатами, но, действуя в моем духе, они принесли их мне – вот они, я их вам возвращаю. Тех, кого постигла смерть, достаточно для моей мести. Скажите народу Каира, что я хочу продолжать быть милостивым и милосердным. Он был предметом особого покровительства с моей стороны, он знает, как я любил его, пусть же он сам судит о своем поведении. Я прощаю всем, но хорошенько объясните им, что то, что произошло и еще произойдет, давно уже записано и что никто не в силах остановить меня; это все равно, что захотеть остановить судьбу… Все, что произошло и еще произойдет, записано в книге истины". Таким образом, "султан Кебир" выказывал свое великодушие и милость к виновным. Впрочем, это не помешало ему провести еще одну показательную карательную акцию: 26 января 1799 года в Каире казнили 90 человек, объявленных мамелюкскими агентами. А перед этим он издал такой приказ: "В случае восстания какой-либо деревни комендант провинции должен взять в качестве заложников всех детей от 12 до 16 лет и отправить их главнокомандующему. Если какую-то деревню надо будет сжечь… то в ней также следует собрать всех детей".
Итак, после нескольких месяцев, отданных борьбе с мятежниками, в Египте снова установился мир. Но теперь Бонапарту надо было найти выход из той мышеловки, в которой он оказался в результате войны, объявленной ему Османской империей. А османы к концу 1798 года уже перешли от слов к делу: в Сирии действительно появилась та самая "бесчисленная" армия под командованием сераскира Ахмеда Джеззара-паши, по прозвищу Мясник, а другая армия, при поддержке британской эскадры, готовилась к вторжению в Египет с острова Родос. В этой ситуации Бонапарт, как всегда, принял неординарное решение: не дожидаясь начала наступления противника, нанести ему упреждающий удар в Сирии, а затем вооружить сирийских христиан и прорваться к Дамаску. Он, как всегда, строил обширные планы, в которых, по словам А. Манфреда, "Сирия должна была стать лишь первым актом". Как позднее писал об этом сам великий полководец, он хотел, "если судьба будет благоприятствовать, несмотря на потерю флота, к марту 1800 года во главе 40-тысячной армии достичь берегов Инда". А пока для похода в Сирию он выделяет только 13 тысяч солдат…
На святой земле Леванта
Прежде чем отправиться в Сирийский поход, Бонапарт направил для сбора налогов и реквизиции лошадей на нужды армии несколько подвижных колонн в Гизу и Розетту. Все это могло ему понадобиться в новом переходе через пустыню. Он хорошо понимал, что этот марш, несмотря на нежаркое время года, в отсутствии источников воды будет крайне изнурительным и потребует от солдат величайшего напряжения сил. Кроме того, для взятия сирийских крепостей одной пехоты и кавалерии недостаточно – нужны пушки. Ведь арабы, убедившись, что с французами лучше не сражаться на открытом пространстве, принялись укреплять стены Газы, Яффы, Сен-Жан-д’Акра и углублять рвы. Так что обойтись в этой кампании без осадной артиллерии было невозможно. Тащить же все пушки по пескам – убийственное занятие. Единственное, что оставалось, доставить их в Левант (Сирию и Палестину) по воде. А так как французская эскадра почти полностью была уничтожена, то Бонапарт мог прибегнуть лишь к помощи контр-адмиралов Гантома и Перре, суда которых все еще бороздили воды Нила. Но это было делом крайне рискованным: при появлении англичан или турок можно было потерять не только последние корабли, но и осадную артиллерию. Однако другого выхода главнокомандующий не видел. Ведь надеяться на какую-либо помощь извне Бонапарту теперь не приходится. Члены Директории не могут прислать ему свежие силы, да и не очень озабочены его дальнейшей судьбой. По его собственному признанию, "они мне завидуют и ненавидят меня; они охотно оставят меня здесь погибать…"