Годунов подчеркивал, что грекам было дано задание решить вопрос о патриаршем престоле в России соборно, и предлагал Иеремии «быти на патриаршестве в нашем государстве на престоле Владимирском и всея Великия России». Ответ Иеремии, зафиксированный и в статейном списке, и в сказании, свидетельствовал о том, что он очень хотел стать патриархом на Руси; он даже принял довод Годунова, что султан все равно уже разорил Константинопольское патриаршество. От имени Иеремии было записано, что он якобы советовался с патриархами Сильвестром Александрийским, Нифонтом Иерусалимским и Иоакимом Антиохийским и со всем Освященным Собором: «И советовав приговорили, что пригоже на Российском царстве патриаршеству быти и патриарха учинити». Эта явная ложь могла быть приписана Иеремии московскими властями, тем более что на самом деле патриарха Иерусалимского звали Софроний (1579 – 1608).
Однако то, что Иеремия согласился патриаршествовать в России и отказался ехать во Владимир, известно достоверно. «Мне во Владимире быть невозможно, потому что патриарх при государе всегда», – заявил Иеремия, никогда не состоявший «при государе». Дело в том, что (по воспоминаниям Иерофея Монемвасийского), «предупрежденный некоторыми христианами», Иеремия считал город Владимир страшной дырой, местом ссылки, хуже печально известного ему Кукоса. Поскольку, кроме приставленных Годуновым людей, патриарх ни с кем общаться не мог, очевидно, что именно Годунов не желал перенесения константинопольского престола в Россию.
Годунову нужен был свой патриарх, для собственных целей. Им должен был стать митрополит Иов. Сразу же после ответа Иеремии от царского имени об этом было четко и определенно заявлено боярам:
«Мы помыслили было, чтобы святейшему Иеремии быть в нашем государстве на патриаршестве Владимирском и всея России, а в царствующем граде Москве быть по-прежнему отцу нашему и богомольцу митрополиту Иову. Но святейший Иеремия на владимирском патриаршестве быть не хочет, а соглашается исполнить нашу волю, если позволим ему быть на патриаршестве в Москве, где ныне отец наш митрополит Иов.
И мы помыслили, что то дело не статочное: как нам такого сопрестольника великих чудотворцев Петра, и Алексия, и Ионы, и мужа достохвальнаго жития, святаго и преподобнаго отца нашего и богомольца митрополита Иова изгнать от Пречистыя Богородицы и от великих чудотворцев и учинить греческаго закона патриарха?! А он здешняго обычая и русскаго языка не знает, и ни о каких делах духовных нам нельзя будет советоваться без толмача.
И ныне, – объявлялось царское решение, – еще бы посоветоваться с патриархом о том, чтобы он благословил и поставил на патриаршество Владимирское и Московское из российскаго собора отца нашего и богомольца Иова-митрополита по тому чину, как поставляет патриарха Александрийскаго, Антиохийскаго и Иерусалимскаго.
И чин поставления патриаршескаго у него, Иеремии, взять бы, чтобы впредь поставляться патриархам в Российском царстве от митрополитов, архиепископов и епископов. А митрополиты бы, и архиепископы, и епископы поставлялись от патриарха в Российском царстве – а для того бы учинить митрополитов и прибавить архиепископов и епископов, в каких городах пригоже».
Для приличия русские источники указывают, что Годунов «многажды» уговаривал Иеремию патриаршествовать во Владимире – но конечно же не уговорил. 13 января 1589 года Годунов со Щелкаловым навестили Иеремию на подворье и объявили, что, по воле царя, хотят «посоветоваться» о поставлении русского патриарха. О том, как выглядел этот «совет», пишет Иерофей Монемвасийский:
«Тогда говорят ему: решение царя то, чтобы ты поставил патриарха. И Иеремия говорил другое, что он не уполномочен епископами и что это было бы беззаконно. Но наконец, и не хотя, рукоположил России патриарха».