Неизвестно, какие «аргументы» привели бывшие подручные Иоанна Грозного, чтобы сломить битого жизнью старенького грека. Иеремия полностью находился в их руках и, кроме того, своим согласием занять московский престол фактически признал, что Россия достойна иметь патриарха. Он был не подготовлен к рукоположению патриарха и по требованию Щелкалова смог представить только кратенький конспект этого действа. Но дьяк не растерялся и нашел подробности церемонии в «чине» поставления русского митрополита; внеся туда небольшие изменения, он вскоре составил для участников мероприятия детальный «чин и устав».
Добившись своего, Годунов желал, чтобы все было организовано самым благопристойным образом. 17 января состоялось заседание царя Федора Иоанновича с Освященным Собором, на котором духовенство во главе с Иовом формально одобрило замысел государя и «положилось на его волю». 19 января царь, митрополит и Освященный Собор приговорили направить делегацию церковных иерархов к патриарху Иеремии для «совета» о предстоящих церемониях.
Много раздумывать духовным лицам не пришлось: Щелкалов представил им готовый и утвержденный царем план мероприятий. В четверг 23 января русские архиереи, за исключением митрополита Иова (оставшегося на своем дворе), должны были собраться в Успенском соборе и направить делегацию за патриархом Иеремией. После торжественной встречи у собора Иеремия со свитой греков занимал отведенное ему место и «тайно» советовался с присутствующими об избрании патриарха, а также двух новых митрополитов – Новгородского и Ростовского.
Затем митрополит Иерофей Монемвасийский, архиепископы Тихон Казанский и Арсений Елассонский, епископы Иов Суздальский, Сильвестр Смоленский, Митрофан Рязанский, Захария Тверской, Иосиф Коломенский и Геласий Крутицкий удалялись в придел Похвалы Богородицы и избирали по три кандидатуры на патриаршество и обе митрополии.
В патриархи, заявил Щелкалов на совещании 19 января, будут рекомендованы митрополит Иов, архиепископ Александр Новгородский и Варлаам Ростовский; на Новгородскую митрополию будут предложены архиепископ Александр Новгородский, архимандриты Киприан Троицкий и Иона Рождественский; на Ростовскую – архиепископ Варлаам Ростовский, архимандриты Сергий Новоспасский и Феодосии Чудовский.
После того как архиереи изберут кандидатов и подпишут соответствующие акты, продолжал инструктаж Щелкалов, документы передаются патриарху Иеремии, который отнесет их к государю Федору Иоанновичу в Золотую палату. Здесь в окружении бояр и всех архиереев царь изберет из предложенных кандидатур патриарха и двух митрополитов. Кто будет избран – было очевидно. Тут же Иеремия и наречет митрополита Московского патриархом, а архиепископов Новгородского и Ростовского – митрополитами.
Торжественное поставление Иова в патриархи было назначено на 26 января 1589 года. На заседании 19 января Щелкалов в общих чертах познакомил Иеремию с планом предстоящей церемонии, весь ход которой был уже подробно расписан: участники должны были иметь время, чтобы старательно запомнить свои обязанности. Пиршества у царя и патриарха были тщательно распланированы и на следующие дни, вплоть до 30 января, когда Иов должен был рукоположить митрополита Новгородского (митрополит Ростовский был поставлен несколько дней спустя).
Мнением патриарха Иеремии интересовались мало, спрашивали о нем чисто риторически. Так, наречение патриарха и митрополитов Иеремия думал провести в церкви, но оно состоялось в Золотой палате, как пожелали хозяева положения.