Во второй половине XIX в. основными центрами спортивной жизни страны становятся С.-Петербург и Москва. Именно здесь открываются первые клубы, послужившие примером для всей России. В 1853 г. в Санкт-Петербурге основано «Общество любителей шахматной игры» первый официальный шахматный клуб в России. Ещё через 7 лет открыт «Санкт-Петербургский речной яхт-клуб» (1860). Подобный клуб возникает и в Москве (1867). Вскоре гребные и парусные клубы создаются на Волге, Днепре, Черноморском побережье, в Прибалтике. В конце XIX столетия в России насчитывалось около 40 таких клубов, объединявших около 4 тысяч человек.
Широкое распространение в стране получил конькобежный спорт, объединивший скоростной бег на коньках и фигурное катание. В 1877 г. организовано «Санкт-Петербургское общество любителей конькобежного спорта». В 1889 г. в Москве состоялся чемпионат России по скоростному бегу на коньках, и первым чемпионом стал А.Н. Паншин. В том же году он участвовал в неофициальном чемпионате мира в Амстердаме и выиграл две дистанции из трёх.
Большой популярностью в российском обществе пользовалась атлетика (так называли современную тяжёлую атлетику). Благодаря активной деятельности петербургского врача В.Ф. Краевского в 1885 г. был организован «Кружок любителей атлетики доктора Краевского», в котором занимались поднятием тяжестей и борьбой. В конце 1890-х гг. кружок преобразовался в «Велосипедно-атлетическое общество», в котором занималось более 500 человек. В 1897 г. по инициативе графа Г.И. Рибопьера основано «Санкт-Петербургское атлетическое общество», которое находилось под «августейшим покровительством» великого князя Владимира Александровича, что свидетельствовало об интересе к спорту в аристократических кругах России. Подобные атлетические общества открываются в Москве, Казани, Пскове, Перми, Орле, Одессе, Уфе, Подольске, Нарве, Астрахани, Самаре и других городах.
Одним из активных популяризаторов тяжёлой атлетики в начале 1900-х стал уроженец Красноярска, инженер по образованию и банковский служащий по профессии Людвиг Чаплинский (погиб в 1914 г. под Нарвой), основавший в Санкт-Петербурге атлетическое общество «Санитас» «Здоровье». Оно было доступно каждому, кто хотел заниматься бегом или поднятием тяжестей. В «Санитасе» придерживались французской системы тяжёлой атлетики, в частности, здесь существовало разделение на весовые категории, благодаря которому свой шанс заниматься этим видом спорта получали и легковесы. Общество «Санитас» было открыто и в Москве.
Велосипедный спорт в России зародился в 1884 г., когда было создано «Московское общество велосипедистов-любителей». О темпах развития этого вида спорта в стране свидетельствует информация журнала «Велосипедист и речной яхт-клуб» (1892, 1), в которой сообщалось о регистрации 17 велосипедных обществ, в том числе в Санкт-Петербурге, Смоленске, Рязани, Харькове, Екатеринославле, Севастополе. Кроме того, во многих городах открылись велосипедные кружки.
На состязаниях в Великобритании в 1896 г. успешно выступил сильнейший русский велосипедист М.И. Дьяков, установивший ряд мировых рекордов и выигравший несколько гонок.
В 1890-х гг. были основаны крупные спортивные общества «Санкт-Петербургский кружок любителей спорта», развивавший лёгкую атлетику и футбол, и «Московский клуб лыжников». Отметим, что первыми энтузиастами распространения лёгкой атлетики были молодые люди гимназисты и студенты, отдыхавшие в посёлке Тярлево под Санкт-Петербургом. Здесь в 1888 г., благодаря инициативе студента Петербургского университета Петра Москвина, был организован первый легкоатлетический кружок в России. С наибольшим азартом в Тярлево занимались бегом. Во-первых, потому, что эти состязания очень напоминали популярные скачки, а во-вторых, были очень легки́ в организации и в определении победителя. Вернувшись с каникул в С.-Петербург, начинающие бегуны из Тярлево уже не могли «остановиться» и организовали «Петровское общество любителей бега», которое постепенно расширяло свои спортивные функции и в 1893 г. трансформировалось в «Санкт-Петербургский кружок любителей спорта». Одним из его участников и членом судейской комиссии при футбольном комитете был студент физико-математического факультета Петербургского университета Н. Коломенкин будущий первый российский олимпийский чемпион.
Один из главных энтузиастов и популяризаторов отечественного спорта, выпускник юридического факультета Санкт-Петербургского университета Георгий Дюперрон с сожалением отмечал: «Помимо Петербурга, лёгкая атлетика существовала среди московских англичан, в Одессе и отчасти в Варшаве, но прочные корни этот спорт пустил только в Петербурге, и долгое время лёгкой атлетикой не занимались нигде, кроме столицы». А уже в 1912 г. Россия оказалась в числе стран, основавших в Стокгольме Международную любительскую легкоатлетическую федерацию (ИААФ).