На ім’я київського генерал-губернатора князя Васильчикова надійшли десятки доносів, у яких озлоблені поміщики скаржилися, що ці студенти намагаються зблизитися з простим людом, прищеплюють йому шкідливі поняття й думки, проповідують ідеї рівності, спільного володіння майном.
У травні 1860 р. Т. Рильський з товаришами постали перед шляхетським судом, який звинуватив їх, польських студентів-шляхтичів, в антипатріотизмі та поширенні атеїзму і вільнодумства серед «голоти». А після того, як хлопомани на чолі з Тадеєм Рильським і Володимиром Антоновичем восени 1860 р. вийшли з польського студентського земляцтва, вже київський земський справник Подгурський подав «по інстанції» рапорт про «таємне товариство комуністів». І відкрили справу «О предосудительных сношениях студентов Киевского университета с крестьянами».
«По польських панських дворах ім’я Антоновича і Рильського називано як майбутніх організаторів нової Коліївщини, як майбутніх Гонту і Залізняка», – писав їхній товариш по «Громаді» Михайло Драгоманов.
Після відкриття справи обох братів було віддано під суворий таємний нагляд поліції. «Следить за Рыльским в корчмах», «следить за его разговорами с крестьянами», «установить, какие стихи и сочинения читает он крепостным крестьянам, а полученные сведения представлять мне через исправника каждые пять дней» – з настанови таємної інструкції генерал-губернатора князя Васильчикова від 15 грудня 1860 року.
У помешканні братів Тадея та Йосипа Рильських та в маєтку їхнього батька провели обшуки, під час яких знайшли виписки із статті «Права русского народа», вміщеної в «Колоколе», а в їхніх товаришів – портрети Герцена і польського революціонера Канарського в кайданах. Як зазначено в підписаному начальником III відділу Імператорської канцелярії князем Долгоруковим документі, головним доказом вини підозрюваних стали «несколько листов тетради, написанной Фаддеем Рыльским на малороссийском языке, в которой рассказывалась история Украины, наполненная местами, могущими возмущать крестьянские умы; так, например, об угнетениях народа, о восстании его под предвод. Хмельницкого, об успехе этого восстания и т. п.». Слідство встановило, що Тадей Рильський «посещал крестьянские избы и шинки», «читал дворовой прислуге поэму „Наймычка”» і співав із селянами народних пісень.
Справа розглядалася в «комиссии по политическим делам» і доповідалася самому цареві. 18 січня 1861 р. слідча комісія при генерал-губернаторі в політичних справах допитала братів Тадея і Йосипа Рильських. Тадея звинуватили в стосунках із селянами, пропаганді комуністичних ідей про рівність, у читанні написаної Рильським «Історії України», де були такі фрази: «Статут Литовський укладали великі пани, і тому він тільки для панів годиться…», «Як настала Хмельниччина, всі горнулись до козацтва, бо щезли пани і поділки на вищі й нижчі стани, всі піднялися на одне діло – визволятися з панського ярма».
Тадей Рильський відкинув усі звинувачення, окрім того, що справді працював із селянами в полі, співав пісні, але пропаганди не вів, своєї «Історії» не читав. Брат Йосип сказав, що нічого не може додати до братових показань.
У листі начальника III відділу В. Долгорукова до міністра народної освіти від 16 лютого 1861 року вказувалося: за «возмутительные действия» Тадея і Йосипа Рильських, на пропозицію київського військового губернатора князя Васильчикова, мали вислати з України, щоб студенти Рильські «по легкомысленной молодости и по дурно направленному воспитанию в доме родителей» не стали жертвою «злочинних» переконань, «высочайше повелено» направити їх у «Великороссию, где неблагонамеренные их стремления не могли быть столь вредными, как там, и где они в обществе с русскими могли би исправить свой образ мыслей». Начальник III відділу повідомляв міністра народної освіти, що по «всеподданнейшему» його поданні «высочайше повелено исполнить согласно предложения генерал-адъют. кн. Васильчикова». Водночас із цим листом III відділ зобов’язував казанського губернатора взяти під нагляд Рильських, яких мали перевести до Казанського університету.
Ця історія набула широкого розголосу в передових суспільних колах. Олександр Герцен у «Колоколе» запитував: «Чи правда те, що брати Рильські, студенти Київського університету, заслані до Казані за доносом Васильчикова, що вони по-братньому ставляться до своїх селян? Чи правда те?» Ймовірно, це стало причиною скасування «высочайшего повеления», опальних братів залишили довчатись у Києві. Справу «Об обществе хлопоманов и членов оного Антоновиче, Рыльском и Чубинском» офіційно закрили лише 15 квітня 1876 року.
1862 року молодший брат Тадея – Йосип помер.
Після закінчення університету, по смерті батька, відмовившись від вигідної пропозиції кар’єри, Тадей Рильський, успадкувавши землі містечка Романівка у Сквирському повіті, в якій господарював сорок років, збудував невеличкий дім, а колишні будівлі дозволив розібрати селянам для їхніх потреб.
Досконало вивчивши цивільні закони, давав безкоштовні юридичні консультації романівцям і жителям навколишніх сіл. Не обмежувався порадами, а складав селянам потрібні папери і виступав у судах як їхній адвокат. Будучи католиком, пустив до свого будинку православну церковно-парафіяльну школу, а потім збудував для неї окреме приміщення, оплачував учителя і майже 20 років був її куратором і викладачем. «У школі було близько сотні учнів, – згадував її випускник Іван Чуприна. – Тадей Розеславович був завжди привітний, лагідний. Купив прилади для фізичного і хімічного кабінетів. Згодом завів вечірні навчання для дорослих. Заснував чималу бібліотеку. Закінчували уроки українською піснею». Про стан школи і роль педагога Тадей Рильський розмірковував у листі до Бориса Познанського (березень 1897 р.), засуджував «суху», часто «злісну офіційність» учительського персоналу, більшість якого не виробляє в собі тип «живого, свідомішого, старшого приятеля шкільної молоді», а уподібнюється автоматові для ставлення оцінок. А в одному з листів до Павла Житецького Т. Рильський скаржився на те, що Сквирська повітова шкільна рада надіслала до Романівки вчительку, яка «має скромну ваду – не вміє навчати, а про іскру захоплення шкільною справою не може бути й мови». Тому «порядок витіснив там і знання, і жвавість», – писав він і просив товариша сприяти тому, щоб у школу призначили вчителя, рекомендованого київськими знайомими. Старання католика Тадея Рильського про освіту православного люду були навіть відзначені подякою і благословенням… митрополита Київського Платона.
Ця добра справа забрала в її запровадника чимало сил і здоров’я.
Т. Рильський зажив слави доброго агронома та економіста. Селяни разом з ним постачали хліб аж до Кеніґсберґа. Це свідчить про те, що в Романівці вирощували добірне зерно. Тадей Розеславович допоміг сільській громаді дешево купити землю в сільського поміщика, а місцевим чиновникам – закріпити за собою чиншові ґрунти (орендовані землі).
Він пильно вивчав життя народу і писав про тяжке становище пореформеного села, виступав проти таких «людинолюбців», для яких село – лиш екзотика з жайворонками над плугом і солов’ями в садку, обстоював право народу на освіту.
1861 р. Т. Рильський почав друкувати свої праці з етнографії та економіки в часописі «Основа», який виходив у Санкт-Петербурзі. Далі розвинув економіко-правову тему в «Киевской старине» і найбільшому за обсягом творі «Студії над основами розкладу багатства». Т. Рильський розглядає теорію вартості, співвідношення між капіталом і працею. За його дослідженнями, відносини у промисловості характеризуються свободою економічних чинників, індивідуальною власністю на всі матеріальні блага; праця – єдина основа і джерело власності. Згідно з Тадеєм Рильським, має бути як суспільне капіталістичне, так і приватне капіталістичне господарство. Селянство повинне орендувати землю в держави. Класову боротьбу Рильський не вважав рецептом для вирішення суспільних проблем. З теоретичних посилань випливають практичні висновки. Давши яскраву та об’єктивну оцінку становищу робітників у поміщицьких економіях, Т. Рильський закликає заробітчан до організованого (але ненасильницького) опору кабальницьким намаганням поміщиків. Серед інших вимог має бути скорочення робочого дня до десяти годин, дотримання безпечних умов праці (наприклад, наявність загороджених пасів у молотарок), у степу – облаштування просторих куренів для відпочинку, налагодження харчування та лікарської допомоги тощо.